戚金在之前就已经收到了朱载坖的密旨，在这次攻灭叶尔羌汗国的战事中，尽可能的对于原来叶尔羌汗国的宗教与统治阶层予以彻底消灭，以绝后患，同时展示大明的武力，震慑这些叶尔羌人，所以官军在攻陷叶尔羌城市之后，对于叶尔羌的统治阶级予以了残酷打击，同时奉朱载坖上谕，对于新疆回教的所有建筑，予以摧毁，官军士卒们自然是在其中捞的不少，这些叶尔羌人的统治阶层，聚敛了大量的财富，这些都成为了官军士卒们的战利品。
而在北路，征西大将军李成梁正在统帅大军，监督卫拉特四部北上，按照大明和卫拉特四部所达成的协议，卫拉特四部要迁徙到额尔齐斯河流域住牧，同时朝廷委任和硕特部为卫拉特四部之首，给予敕书，准允他们和大明互市，同时在科布多选定地址，修建科布多城和相应的卫所，再次屯垦，作为大明在额尔齐斯河流域的重要据点。
而南路的董一元这是率军横扫和田、于田等地，控制叶尔羌和乌斯藏的边界，这样一来，大明从四川、青海、甘肃、新疆四个方向对乌斯藏构成了包夹之势，使得乌斯藏的统治者们也极为担忧，他们赶紧遣使大明，重申自己心向大明，不敢背叛之意，同时也是查探大明对于乌斯藏的态度，大明最近在西部的大规模用兵，确实使得乌斯藏的地方势力极为担忧，他们害怕大明对他们用兵，所以赶紧派遣使臣，再次朝贡大明。
乌斯藏各势力的使臣抵达京师之后，朱载坖命令理藩总署加以接待，探明他们的来意，同时和内阁以及相关的部院商讨对于乌斯藏所采取的措施，大明对于乌斯藏，之前实行的是间接统治，也就是对于这些乌斯藏的头人、活佛法王等加以招抚，授予官职的形式予以统治。
礼部尚书陈经邦总结道：“陛下，法王称为游僧，不常厥居﹔地方王各有封邑，互不统属。咸受命于朝廷。朝廷又设立置驿站，通道往来，以厚赐贡使﹑任官封爵﹑茶马互市﹑利益边民，以安其地，以马为科差，以茶为酬价，使之远夷为臣民，不敢背叛。如不得茶，则病且死，以是羁縻之，实贤于数万甲兵，此制西番以控北夷之上策也。”
乌斯藏各部对于大明一向还是比较恭顺的，主要的原因还是内部
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