朱载坖对于这些回教，一向是极为警惕的，因为这些回教势力想要把持政权，这是朱载坖所绝对不能容忍的，在对西域用兵之前，朱载坖就和大将们沟通过此事，李成梁这些大将们的态度是很明确的，既然碍事，就将这些人消灭掉就好了，对于官军来说，无非就是费些力气罢了，但是重要的就是在新疆建立大明的统治秩序，同时对于这些回教势力加以抵制，这点是极为重要的。
朱载坖就此事和重臣们商量，新疆毕竟是旧土新归，和大明内地的很多风俗还是不同的，朝廷必须要因地制宜的采取各种措施，保证朝廷对于这些地区的控制，同时就是抵御西方的这些回教势力，这点也是极为重要的，因为新疆以西，几乎都是回教的地盘，大明必须在新疆扎好篱笆，严防这些回教势力的渗透。
对于这个问题，重臣们也是极为重视的，新疆不仅仅是要夺回来，重要的就是要守住，否则的话，朝廷长期屯驻大兵于西极，对于朝廷的财政来说是一个极为沉重的负担，所以内阁和各部院都在积极的想方设法解决此事，内阁认为，要能够使得新疆长治久安，最重要的还是要改变当地的人口结构，现在当地全是胡人，自然是以信奉回教为主。
所以当务之急就是迁移人口到新疆区，就地屯田，改变当地的人口结构，除了卫所之外，也要迁移大量的百姓到新疆区，同时将北方各省流刑和杂犯死罪减死一等者，全部予以流放新疆，在当地屯垦，同时朱载坖再度发布大赦诏书，对于大明境内流刑以上者，除贪墨、十恶、拐卖人口、采生折割、杀人者斩立决之外，其余死罪减死一等，长流新疆，永不放回。
同时就是在当地兴办学校，这点也是极为重要的，这些胡人，也有自己的文字和语言，这些都对大明的统治是不利的，所以必须要大规模的兴办学校，汉化这些胡人，废止胡音，将大明和蛮夷分开，同时就是将大明内地的回教首领派往新疆，用大明的回教改造新疆本土的回教，同时抵制这些境外的回教，这才是现在要做的事情。
朝廷虽然收复了新疆，但是对于朝廷来说，考验才刚刚开始，朝廷能否将新疆治理好，对于朝廷来说也是一个极为重要的事情，朱载坖命令内阁和相关的部
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