仅负责记帐与核算，不直接经手银钱。银钱由「海运银庄」代管，相互制衡。
监察司：
独立性：司内官员由天子从靖安司、都察院中选调，或由天子钦定，独立于海衙行政体系，不受总理大臣任免。
职权：巡查所有海衙下属机构，受理商民举报，查办贪污、受贿、失职、滥用职权等不法事。有权暂停涉案官员职务，封存帐目，并直接向天子密奏。
风闻言事：对于重大可疑线索，虽无实证，亦可先行上报，由天子定夺是否彻查。
洋税司：
在各港口设立检验房，负责对进出口货物进行开箱查验、丈量吨位、评定等级。
现场开具税单，指导商贾前往「海运银庄」或指定官办钱局纳税。
设立货物等级争议程序：商贾对货品评级有异议者，可申请覆核，由洋税司会同筹策司、度支司三人会商裁定。
船政司：
负责全国四大官办造船厂（松江、宁波、泉州、广州）的日常管理与技术指导。
制定《大燕商船建造标准》，对不同吨位（200石、500石、1000石、2000石）福船、
广船的船体结构、枪帆索具、水密隔舱、火器配置（允许配置少量自卫火炮与火统）提出规范，提升远洋航行安全性。
主持船引（即航海许可证）发放与船舶户籍登记。
海防巡缉司：
配合沿海三大水师，专职护航、缉私、清剿海盗。
制定《海防巡航海图与哨点》，常年巡航，建立海上烽燧预警体系。
与地方卫所划清界限：巡缉司在内河及陆上无管辖权，仅对海上及沿海三十里之内的走私、械斗事件有抓捕权。
仓储货榷司：
统一管理四大港口官设仓储（保税仓、中转仓、盐货仓、军需仓）。
对存储期超过三个月的进出口货物征收存栈费。
监管民间仓储，防范囤积居奇、操纵物价。
第三条：四大分署广东广州分署（从四品，主官称分署同知）：主理通往西洋、真腊、满刺加的南线大额贸易。因其体量最大、外国商船最多，故规格最高。
松江府分署（正五品，主官称分署大使）：主理长江口、登莱、辽东方向的南北海运贸易。
宁波定海分署（正五品）：主理通往日本、朝鲜的东海贸易。
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