权之初，前后藏合法的最高统治者是大明朝廷所封的“阐化王”帕木竹巴，只不过此时势力衰弱。但阐化王及其属下各地方领主不承认藏巴汗“王”的地位，只承认他为“第巴”，即管事者。所以藏巴汗需要在宗教方面有极为强大的影响力的活佛的承认和支持。
格鲁派显然是不可能承认藏巴汗的地位的，因为格鲁派和大明、帕木竹巴政权的关系都很良好，而噶玛派自然是愿意支持藏巴汗的，同时噶玛派需要藏巴汗政权的支持以打击格鲁派，在藏巴汗的支持下，噶玛噶举和止贡噶举又使用暴力等手段胁迫格鲁派寺院改宗，规定格鲁派僧人必须向他们所遇到的任何噶玛派僧人致敬，并强取豪夺哲蚌、色拉两寺的部分资产。
申时行认为格鲁派和藏巴汗的矛盾已经是不可调和了，所以在这种情况，将已经在蒙古有一定力量的格鲁派送回乌斯藏，重新支持帕木竹巴政权，打击噶玛派和藏巴汗，同时扩大大明在乌斯藏的影响力。