这次大宝法王再次向朱载坖上疏，请求大明干涉藏巴汗的行为，保全格鲁派，朱载坖也不得不重视此事了，毕竟格鲁派在大明经略蒙古中的地位还是极为重要的，朱载坖说道：“彼辈有异术能服人，诸番莫不从其教，即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是，北虏北虏止知奉此僧，诸番王徒拥有虚位，不复能施号其令，今疏请此事，卿等以为应当如何办理？”
对于朱载坖的这个问题，内阁首辅申时行首先说道：“陛下，臣以为战守正理，款事羁糜均不可废。”申时行的态度也是很明确的，就是要对于此事多方采取措施，因为藏巴汗尽管遣使大明求贡，但是他打击帕木竹巴政权的行为是大明所不能容忍的，帕木竹巴政权毕竟是大明太祖皇帝钦赐之职，藏巴汗不经奏请，径行用兵，是对大明的公然挑衅，必须予以制裁，维护大明朝廷的尊严，同时也是安抚和拉拢格鲁派的重要的举措。
申时行也指出，格鲁派在大明经略蒙古中的地位突出，一向也是和朝廷的关系极为密切的，所以必须要予以安抚，明确大明朝廷的态度，除此之外，就是将活佛转移的乌斯藏去，加强大明对于乌斯藏的控制，申时行自然是阴人的高手了，阴人这门学问讲究的不是说学逗唱而是风轻云淡，要是在无意之中把最大的钉子给安下去，然后等待结果。
申时行的方略也是极为简单的，就是要求格鲁派迎请活佛回到乌斯藏，一来就是回应了格鲁派对于大明的请求，现在朝廷自然是要支持格鲁派的，但是格鲁派也不能无所作为吧？作为乌斯藏的活佛，长久的待在蒙古也不像话，应该回到乌斯藏去，二来就是挑动格鲁派和藏巴汗之间的斗争。
格鲁派和帕木竹巴政权的关系是很紧密的，现在帕木竹巴政权实力不足，难以统一宗教各派，帕竹噶举派的宗教实力以及影响力与其政治实力不相匹配，这时候一个新兴的并且势力强劲的格鲁派的出现刚好给帕竹政权一个权衡各教派力量的契机。所以帕竹政权不遗余力的支持格鲁派也是有其一定的政治目的。
而藏巴汗选择了噶玛派作为其宗教上的支持者，与噶玛派红帽系、黑帽系关系较为密切，而与格鲁派关系则相当紧张。彭措南杰建立藏巴汗政
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