申时行向朱载坖详细阐述了自己的一些看法，首先虽然朝廷要利用格鲁派经略蒙古，但是也要防范格鲁派在蒙古的过分强大，大明朝廷的一项政策就是任何宗教不能够干预政权，对于回教是如此，对于格鲁派也是如此，现在格鲁派和土默特部贵族的勾连越来越深，对于朝廷来说并非好事，所以申时行认为，送活佛回到乌斯藏，也是提前防备。
其次就是为大明日后经略乌斯藏埋下伏笔，对于朝廷来说，直接出兵乌斯藏是一个极为亏本的事情，但是挑动乌斯藏内部斗争，从中扩大大明的影响力却是可以立即实施的，现在大明从四川、青海、甘肃、新疆等方向对于乌斯藏构成了极大的压力，大明要充分利用这种巨大的地缘优势，将之转化为大明对于乌斯藏的影响力。
在具体操作上，申时行也已经和礼部等衙门有了相关的章程，对于藏巴汗，自然是要予以问责的，藏巴汗不经朝廷准允，进攻大明所册封的帕木竹巴政权，甚至自立为王，是为僭越，对于其的请封，不能准允，同时还要对于支持的他噶玛派予以切责，降封，剥夺其称号，不准其朝贡贸易等方式予以打击。
然后对于格鲁派和帕木竹巴政权，大明也要采取相应的办法予以支持，格鲁派首先得问题就是要回归乌斯藏，现在活佛是俺答汗之孙，在蒙古有极为强大的影响力，这正是大明可以利用的，命令土默特部派兵和大明使臣、官军一道护送大宝法王回到乌斯藏，同时支持帕木竹巴政权，这样大明官军就可以名正言顺的进驻到乌斯藏了，同时效法对于土默特部、卫拉特部的管理方式，派遣乌斯藏办事大臣，负责主持朝廷对于乌斯藏的事务，逐步的加强朝廷对于乌斯藏的控制。
申时行对朱载坖说道：“陛下，如此不动刀兵而收奇效，借官军大胜之威，拓土于西陲，安边定局，在此一举。”
申时行等人已经有了完整的计划，朱载坖认为也是可以实施的，就将此事交由太子于内阁处理，而自己则是与军机处商量起其他的事情了，首先就是兵部尚书梁梦龙以老病致仕，朱载坖决定调安东大都护、经略倭奴、朝鲜事务大臣方逢时回朝担任兵部尚书，原少府少卿蒋洲升兵部尚书兼安东大都护、经略倭奴、朝鲜事务
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