这次乌斯藏的使臣们齐聚京师，大宝法王也再次向朱载坖上疏，请求朝廷敕令藏巴汗善待格鲁派，朱载坖命令礼部详细调查其中的情况，礼部也回奏，嘉靖四十四年，原本担任帕木竹巴仁蚌巴手下官员的辛厦巴才丹多杰起兵造反，先后占据了香、八囊伦珠孜、帕日等宗管辖的地域。一年以后，辛厦巴的势力范围几乎囊括了整个乌斯藏，帕木竹巴政权只能龟缩一隅，苟延残喘，他因此自称为“藏巴加波”(“藏”即今日喀则一带；“加波”则是国王的意思)。
他和格鲁派的关系极为紧张，也使得索南加措不得已前往蒙古，寻找外援，在藏巴汗统治全藏的情况下，格鲁派的支持者尽管在前藏还是有一定的势力，但是整体上无法与后藏的新兴的辛夏巴政权相抗衡，因此索南嘉措看到格鲁派想继续依靠帕竹政权来恢复本派以往的实力已不可能，于是就把目光转向外界，并和北方蒙古土默特部俺答汗取得联系，还结成了互相依存的支持关系。
现在索南加措生前所谋划的这些确实基本上实现了，临终前，为了保持和蒙古贵族的密切联系，他宣布死后会转世于俺答汗的家族中，这样索南嘉措圆寂以后恰逢俺答汗孙子适得一子，便认定其为四世达赖云丹嘉措。但是索南加措没有算到的一点就是大明的强势介入，大明现在控制了青海，切断了蒙古和乌斯藏的联系，而大明在攻灭叶尔羌之后，也从西北能够直接和乌斯藏接触了。
现在的大明，实力远远比之前强大了，同时朱载坖的一贯政策就是隔绝蒙藏，决不允许蒙古合流，这点蒙古人是很清楚的，而且现在土默特部已经没有在支持格鲁派在西藏势力的动力的，他们和大明的关系融洽，同时希望在大明能够帮助土默特部坐稳蒙古第一部落的位置，对于乌斯藏的事情，土默特部根本不敢兴趣。
所以格鲁派转而恳求大明能够出兵帮助格鲁派，消灭藏巴汗政权，但是之前被朱载坖所拒绝了，第一就是乌斯藏的这些地方势力对于大明一向恭顺，现在大明是没有利用出兵的，第二点就是出兵乌斯藏难度很大，利益不够，朱载坖很清楚，将官军拉到高原上去作战，在现在的情况下并不是一个很明智的决定，所以朱载坖并没有同意。
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