，并将四周的各个小国予以占领。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信藏传佛教中的噶举派，曾经两次因为宗教纠纷而出兵攻打不丹，给噶举四大支中的噶玛巴封上“卫藏之主”的印信，但却仇视新兴的格鲁派。这就使得乌斯藏的问题更加麻烦了。
在政治斗争中还有宗教信仰的问题，格鲁派作为新兴的派系，这些年以来在乌斯藏发展的很快，但是藏巴汗却极为仇视格鲁派，格鲁派自然是要还以颜色的，原本格鲁派是希望通过引蒙古人进入乌斯藏对于藏巴汗政权予以打击，但是朱载坖严厉禁止蒙藏合流，甚至出兵青海，将海虏赶出了青海，切断了蒙古和乌斯藏的联系，格鲁派又转而请求大明干涉藏巴汗，希望大明能够制止藏巴汗对于格鲁派的打击。
这就使得大明极为头疼了，一方面大明一向是不主动干涉乌斯藏的内部事务的，另一方面格鲁派现在确实是大明经略蒙古的重大助力，和大明朝廷合作也很融洽，不帮容易影响大明对于蒙古的经略。