对于官职的调整，其实是朱载坖一直就想实施的，但是之前一直都没有付诸于实施，一来是之前的朝廷事情很多，并不适合进行大规模政治政治体制的改革，毕竟对于政治体制的改革，还是需要相对比较稳定的内外环境，二来就是朱载坖本人也并没有思考清楚应该怎么进行改革。
经过在西苑的思考，朱载坖决定进行一系列的改革，朱载坖为此首先是和太子予以商量，朱翊釴也能够理解朱载坖要进行改革的想法，现在六部权力过于集中，很多事情无法推动，而且一些衙门之间错综复杂的管理关系也使得朝廷中枢无法高效率的运转。
大明从地方到中枢的行政体制，确实是应该予以改革了，不过朱载坖父子也很清楚，事关政治体制，所进行的任何改革都是要极为谨慎的，朱载坖之所以选择在这个时候进行政治上尤其是在进行朝廷内外官制的改革，是经过深思熟虑的，现在朝廷没有财政问题，边疆虽然有战事，但是并不影响整个大明的稳定，在现在的情况下，朱载坖本人还是对于整个朝廷有很强的控制能力，朱翊釴也熟悉政务了，父子两人对于朝廷的控制能力还是很强的。
现在朱载坖在幕后，朱翊釴在台前控制，这样有什么差错也有寰转的余地，在这种情况之下，朱载坖和朱翊釴开始召见内阁辅臣，商讨有关官制改革的事情，对于此事内阁也是非常之慎重的，因为官制的改革涉及到朝廷的方方面面，牵一发而动全身，这点内阁辅臣是很清楚的。
申时行也意识到，现在朝廷的官制确实是无法适应大明的实际情况了，现在朝廷和地方官府要管的事情千头万绪，仅靠原本大明的这些官署确实是无法胜任了，但是要改革，应当怎么改革，先从何处入手，这也是很重要的事情。
在经过朱载坖父子和内阁辅臣们的商量之后，决定以司法作为改革的第一步，因为这是从中央到地方现在都比较头疼的事情，司法刑名对于大明的州县官员来说是极为痛苦的事情，随着经济的发展，各类案件层出不穷，虽然朱载坖之前的改革已经将州县正印从案件审理中解脱了出来，但是地方州县的案件数量激增，州县推官疲于应付，也是实情。
还有就是各种京控案件也不断增加，三法司也
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