朱载坖于是正是召集内阁、练兵军务处、五军都督府、兵部等相关衙门一道商量对于卫所的改革，内阁所担心的是出现内轻外重的局面，这也是张居正一再提醒朱载坖的事情，在朝廷实施镇协制之后，内外官军一共近九十万，但是在京师的只有京营和亲军诸卫，即便是算上班操京军，不到三十万，卫所也被大量的调出用于控制新收复的领土，对于朝廷来说，内阁认为已经存在内轻外重的趋势的，所以要强化朝廷对于军队的控制。
而五军都督则是认为现在都司和五军都督府的关系被弱化了，兵部越俎代庖，直接管理各都司卫所，使得五军都督府毫无权力，而练兵军务处则是要厘清卫所官军和镇协官军的关系，这些问题都要予以解决。
朱载坖首先提出了一个问题，就是有关实土卫所的问题，实土卫所权力过大，应当予以削弱，首先是要厘清军队和地方的关系，都司卫所和地方府州县的关系必须要搞清楚，内阁对于实土卫所的权力过大早就有所不满了，这些实土卫所，和地方州县一样，也设置吏、户、礼、兵、刑、工六房，也称六科。各房配有令吏、令典、典吏等吏员，行使州县职权，但是和地方州县是流官不同，卫所指挥使以下的军官大多世袭，这也就导致这些卫所的吏治极为腐败，所以内阁认为要取消实土卫所，设置州县加以管理。
对于这点，朱载坖是支持了，卫所在地方的权力过大，并非好事，要在边疆地区设立州县，加强对于边疆的控制，而卫所制负责对于军户的军屯的管理，现在实现军屯、民田统一起科，但是由于卫所军士并不承担额外的徭役折银，从某种意义上说，卫所军士的负担理论上是低于百姓的。
但是要命的就是这帮卫所军官们，他们世代承袭，在卫所里面权力甚大，往往役使军士如奴仆，朝廷的卫所军士，实则成为了他们农奴，这是朱载坖所知道的，要打破这种情况，使得军户的生计能够有所改善，才是朝廷进行卫所改革的主要目的。
其实无论是朱载坖还是在坐的臣子们亦或者太子朱翊釴都很清楚，之所以出现这种情况，最重要的原因就是这些卫所军官大多是世袭的，他们职务固定，而且在本卫有极为深厚的裙带关系，在卫所中
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