统称为五军都督府。五个都督府互不统属，分别分管全国不同地区的军队和卫所。
为了进一步分散都督的权力，朱元璋还在每个都督府内，设置了左右都督、都督同知、都督佥事等多个官职，相互牵制。同时，以中军都督府断事官，作为五军都督府的最高断事官，负责处理军队的司法事务。
随着五军都督府机构的不断完善，已经坐稳了皇位的朱元璋，终于实现了对全国军队的彻底、绝对的掌控。
五军都督府和兵部的存在，并不矛盾。朱元璋对这两个机构的职能，进行了极其细致和明确的划分。兵部拥有任免军队将领、军官升调、训练军队的权力，但不能直接统帅军队打仗。而五军都督府虽然拥有统兵作战、管理军队屯田、掌管军籍、推选将领的职能，但却没有调遣军队的权力。
调兵之权，牢牢地掌握在皇帝一人手中。每逢战事，皇帝亲自任命统兵将领，颁发调兵印信。兵部根据皇帝的旨意，发出调兵命令。五军都督府的将领，率领军队出征。战事结束之后，将领交还印信，士兵各自返回卫所。
通过这样的制度设计，朱元璋将军队的大权，牢牢地抓在了自己个人的手中。在那个皇权高度集中的年代，改革五军都督府，让五军都督府和兵部相互制衡、同时并存，对于朱元璋加强皇权，尤其是加强皇帝对军队的绝对掌控，具有巨大的现实意义。它为明朝的建立，以及明朝建立之后统一全国、北伐蒙古、稳定全国局势，做出了不可磨灭的重要贡献。
然而，再好的制度，也经不起时间的侵蚀和人心的腐化。到了明末，无论是五军都督府还是兵部，都已经腐化堕落得不成样子。军官贪腐成风，士兵缺额严重，军队战斗力低下。卫所制度名存实亡，大量军户逃亡，土地被军官和豪强侵占。
为了摆脱对腐朽不堪的五军都督府和兵部的依赖，提高军事决策和指挥的效率，朱慈烺才在监国时期，力排众议，成立了军机处。如今，大明的最高军事中枢，已经变成了军机处。皇帝作为军机处的最高首领，中军都督和兵部尚书，都是军机处的核心成员。
从此以后，无论是调兵还是统兵，都必须经过军机处的集体商议和决策。没有大明军机处的正式命
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