在这个过程中，朱元璋深刻地认识到，枪杆子里出政权。想要建立霸业，想要坐稳江山，就必须加强对军队的绝对掌控。古往今来，凡是能够一统山河的帝王，比如汉高祖刘邦、汉光武帝刘秀、唐太宗李世民、宋太祖赵匡胤，无一不是在作为统帅的时候，就拥有一支绝对忠于自己的强大军队。这一点，对于朱元璋而言，也不例外。
而且，当时的朱元璋面临的形势十分严峻。他不仅要面对陈友谅、张士诚等内部的强敌，还要时刻提防北方北元残余势力的军事威胁。在这种情况下，建立一支绝对忠于自己的军队，并实现对军队的绝对控制，就成了朱元璋的当务之急。
为了整合自身的军事力量，加强对军队的统一领导，朱元璋将原来的行枢密院改为了大都督府。在改制之前，朱元璋所统帅的军政力量内部，还有邵荣等一些非嫡系的将领参与其中，权力比较分散。经过这次改制，邵荣等非嫡系将领受到了朱元璋的强有力节制，朱元璋对军政力量的统一领导得到了极大的加强。
改制之后，朱元璋任命自己的侄子朱文正担任大都督，总领全军事务。在古代宗法制社会，天下是一家一姓的天下，侄子也算是自家人。让自己的侄子掌握军队的核心领导权，等于朱元璋在那个时代，建立起了一个真正以自己为核心的军事领导体系。
通过一系列的整合和改革，朱元璋通过大都督府，也就是后来的五军都督府，实现了对军队的绝对领导。这为他日后扫平群雄、推翻元朝、建立明帝国，打下了坚实的军事基础。
明朝建立之后，朱元璋在中央设置了兵部，这是沿袭前朝的制度，是自然而然的产物。而大都督府作为朱元璋在创业时期设立的军队领导机构，也自然延续了下来，成为了明帝国的国家军队领导机关。这样一来，明帝国就出现了兵部和五军都督府两个军队领导机构同时并存的奇特现象。
在废除中书省和丞相制度，将皇权进一步集中到自己手中之后，朱元璋随即对明朝的军队领导体制进行了一次更为彻底的改革。他担心军权过于集中，会导致将领拥兵自重，威胁到自己的统治。于是，他将权力极大的大都督府，拆分成了中、左、右、前、后五个都督府，
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