就在市舶司制度逐渐稳定之际，东南沿海的局势却暗流涌动。当时，海盗横行，严重扰乱了沿海的社会治安与对外贸易秩序。两广总督熊文灿自视甚高，认为自己善于识人用人，为了解决海盗问题，他提出了“以寇治寇”的策略，决定招降当时颇具实力的海盗头目郑芝龙。
郑芝龙出身于福建泉州的一个商人家庭，早年曾在海上经商，后因形势所迫加入海盗队伍。他凭借出色的军事才能与商业头脑，在短时间内迅速崛起，成为东南沿海颇具影响力的海盗首领。面对熊文灿的招降，郑芝龙经过深思熟虑，认为这是一个改变自身命运、实现更大抱负的机会，于是同意率部归顺朝廷。
然而，郑芝龙受招安后，并未完全按照朝廷的期望行事。他表面上为朝廷效力，实则借着朝廷的名义，大肆铲除海盗中的异己势力。在短短数年时间里，郑芝龙率领部众先后平定了境内其他大小海盗团伙，逐渐掌控了福建沿海的海上霸权。与此同时，他还提出了“移民东番”（今台湾）的政策，表面上看，这一政策是为了安置失去产业的流民，施行仁政，实则是郑芝龙的“祸水东引”之计。将境内的流民送到东番这个蛮夷海岛，既能消除流民对朝廷统治的隐患，又能为自己开发东番、拓展势力范围奠定基础。
在坐镇福建泉州发展实力的同时，郑芝龙也积极着手开发东番。他组织流民前往东番开垦土地、发展农业，同时在东番建立据点，发展海上贸易。郑芝龙的这一系列举措，看似是为了推动东番的发展，实则有着更深层次的考量。他深知自己与朝廷之间的关系并非牢不可破，一旦将来与朝廷翻脸，东番便可成为自己的备用落脚点，为自己保留一条后路。
随着势力的不断壮大，郑芝龙逐渐称霸福建沿海。他一边以朝廷官员的身份打击海盗，维护沿海的“秩序”，一边却暗中包庇走私活动，将大明的海疆视为自己的“后花园”。郑芝龙利用自己的官身，公然进行走私贸易，将南洋、东洋的洋货运往内地，赚取巨额利润。更甚者，他还规定，过往的海船，无论其身份是海盗还是商人，都必须购买郑氏的旗号，才能在东南沿海海域安全通行，否则便会遭到他的船队的袭击。
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