朝廷的政策时常摇摆不定，有时候会着力打压鞑靼部，转而安抚扶持瓦剌部；有时候又会反过来抑制瓦剌部的扩张，对鞑靼部加以笼络。当某一个部落崛起、实力远超其他部落时，朝廷便会扶持其他部落对其进行牵制，甚至直接出兵征讨；而当被扶持的部落渐渐坐大时，朝廷又会转而支持其对手。这种制衡之术虽然在一定程度上维持了草原的分裂，却也让边境始终难以安宁。蒙古各部也常常以明廷政策反复无常、不守信用作为借口，大举兴兵南下挑起边境战事，劫掠之后便退回草原，让明军疲于奔命。
正是因为这样的缘故，整个明朝北方的边患始终没能得到彻底根除，明政府的边防重心与主要军事力量，也一直都部署在北方的边境线上。两百多年间，北方边境的烽火几乎从未真正熄灭过，朝廷每年都要为边防投入巨额粮饷，给国库造成了沉重的负担。
燕王朱棣在“靖难之役”中夺取皇位之后，出于巩固边防与自身统治的考量，对北方的边防建设更加重视。他下令对边境线上诸多地段低矮简陋、年久失修的边墙进行修缮加固，加高加厚墙体，增设敌台与墩台。这道边墙也就是后世所称的明长城，它并非一道简单的城墙，而是由城墙、敌楼、墩台、烽火台、关隘共同组成的完整防御体系。墩台之上派兵驻守瞭望，一旦发现敌军动静，便立刻点燃烽火传报军情，让沿线守军能够及时做出反应。
与此同时，朱棣还重新规划了北方的防御体系，在东起鸭绿江、西抵嘉峪关的万里边防线上，先后设立了九座军事重镇，分派兵马驻守，划分防区，各自负责所辖地段的防御守御。这九座军镇的设置并非一蹴而就，而是随着边防需求逐步增设的。最早设立的是辽东、宣府、大同、延绥四座军镇：辽东镇镇守东北边境，防范女真与蒙古部落；宣府镇与大同镇扼守京城西北方向的要道，是蒙古骑兵南下的主要突破方向；延绥镇则坐镇西北，防卫河套地区的蒙古部落。
原本驻扎在偏关的太原总兵，以及驻扎在固原的三边制府总兵，因其防区的重要性，也被视作两处军镇，作为西北边防的重要支撑点。在此之后，朝廷又相继增设了宁夏镇、甘肃镇，将西北防线向西延
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