献帝刘协，心中亦是惧怕不已，深怕王允成为第二个董卓。
王允的行事，越发飞扬跋扈。以前就连董卓，都不敢擅杀那些德高望重之辈。但是王允，却因为蔡邕的一句话，就将他斩杀。
当时蔡邕与王允对坐，谈到董卓被杀之事。想到了董卓对他的器重与尊敬，叹息了几声，脸上有不忍的神色。
王允见状，顿时勃然大怒，斥责蔡邕道：“董卓国之大贼，几倾汉室。君为王臣，所宜同忿，而怀其私遇，以忘大节！今天诛有罪，而反相伤痛，岂不共为逆哉？”
王允随即将蔡邕收付廷尉治罪，想要杀他。
蔡邕乃当世大儒，满腹才华，在士林之中非常有名望。就连董卓这个出身西凉的武夫，都对他敬重有加，更何况是其他士人？
蔡邕虽然不怕死，但他当时正在撰写《后汉书》，不想半途而废。所以就递上辞表道歉，请求受到刻额染墨、截断双脚的刑罚，以求继续完成汉史。
却不想，王允断然拒绝了蔡邕的请求。
太尉马日磾对王允说：“伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典。且忠孝素著，而所坐无名，诛之无乃失人望乎？”
王允答道：“昔武帝不杀司马迁，使作谤书，流于后世。方今国祚中衰，神器不固，不可令佞臣执笔在幼主左右。既无益圣德，复使吾党蒙其讪议。”
马日磾退去，而告知众人曰：王允必不能长久于世。有道德的人，是国家的纲纪；写书，是国家的典籍。废弃了纲纪与典籍，他难道还能长久吗？”
依照蔡邕的所作所为，完全符合汉代士大夫的道德观念。董卓虽然令人厌恶，却对蔡邕有着知遇之恩。
若是董卓身死，蔡邕拍手称快，那才会让人瞧不起。
一代大儒，就这样死在狱中。他死的那日，满朝公卿，以及长安士子，全都痛哭流涕，为蔡邕鸣不平。
王允见状，感受到了巨大的压力，追悔莫及。
除此之外，王允在商议是否赦免董卓部曲的问题上，反复无常。
当时吕布就劝他说；“此辈无罪，从其主耳。今若名为恶逆而特赦之，适足使其自疑，非所以安之之道也。”
吕布又想以董卓的财物，赏赐给满朝公卿、将校，好得到他们的支持。但是王允，却是不从。
而且，王允认为吕布是一介武夫，心里非常
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