徽宗赵佶即位，刘清菁的人生开始发生逆转。六宫之主肯定是做不成了，得让位给徽宗的王皇后；因为哲宗的年号叫“元符”，所以，徽宗册封嫂子为元符皇后，这没有违制。
然而，建宗靖国元年(1101年)，向太后去世，宋徽宗居然晋升嫂子做了崇恩宫太后。这就值得玩味了。首先嫂子做太后，明显违例；其次，哲宗的生母(也就是刘清菁的婆婆)朱太妃尚健在，理应当仁不让做太后，徽宗为何不册封朱太妃反而册封嫂子？难道他真的是在“下一盘很大的棋”？说对了，他甫即位，需要调和新旧党之间的矛盾，刘清菁很不幸地沦为了政治工具。
有两个人不能不说一说，那就是哲宗朝独相章惇和右正言邹浩。
当年孟皇后被废，章惇极力支持刘清菁母仪天下，邹浩却拼死反对。章惇代表新党利益，邹浩则是旧党领袖韩忠彦、曾布等人的马前卒。哲宗皇帝虽不像他老子宋神宗那样一心搞改革，但对章惇极为倚重，加上特宠爱刘清菁，于是不由分说，立刘清菁为后，把邹浩发配到新州劳动改造，新旧党之间的矛盾空前白热化。逮至徽宗主政，采取了调和的政策，“凡绍圣、元符以还，惇所斥逐贤大夫士，稍稍收用之”。邹浩官复原职，旧党多有起复者，章惇也受到特进，封申国公。
外朝的政治大气候，波及了后宫。
刘清菁是向太后和朱太妃信得过的人，其中，向太后跟章惇不大和睦，朱太妃的政治倾向不明，多半是站在向太后一边的。此时向太后已死，若册封朱太妃为太后，会给群臣留下这样的错觉：新党会认为朝廷将循哲宗路线，独用新党；而旧党也会以为朝廷将对新党发难了。如此一来，矛盾会更加激化。而立刘清菁为太后，就可起到调和之效：既安抚了章惇一党，又明白无误地告诉旧党，朝廷不会再走哲宗的老路了。
还有一个雷人故事，或许牵累了刘清菁。哲宗死，向太后临朝听政，欲立端王为帝(即徽宗)，章惇不干，大喝一声：“端王轻佻，不可以君天下。”这话谁听了都不舒服。果然在进封章惇为申国公后不久，徽宗便找了个茬子，将他撵到外地去了。章惇倒台，旧党一派欢欣鼓舞，韩忠彦、曾布为相，邹浩当了兵部
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