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1799年7-9月升任贝尔纳多特为国防大臣，工作富有成效，很快组建了一支10万人的新军。但由于他的平民出身以及与雅各宾派有接触，且反对独裁，期间他与波拿巴党保持距离，并拒绝为拿破仑在1799年11月发动的雾月政变提供帮助，又被迫辞职。
当拿破仑从埃及潜回时，他敏锐地感觉到其政治野心，准备以临阵脱逃的罪名逮捕他。在发现拿破仑的势力太强大后放弃，在雾月政变(1799年11月9日)期间保持中立。
1800年1月，贝尔纳多特被任命为参议员。4月，就任西方军团司令。1803年1月任驻美大使，但由于同英国的战争爆发，处于安全考虑，未能成行。
1804年12月2日，拿破仑在巴黎圣母院大教堂举行了隆重的加冕典礼称帝，随后贝尔纳多特被任命为汉诺威总督。
1805年奥斯特里茨战役战后，贝尔纳多特被授予帝国元帅称号，时年41岁。1806年封为蓬特-科沃亲王(蓬特和科沃是那不勒斯王国境内原属教皇的两处封地)。
拿破仑战争时期
第二次法奥战争爆发时，贝尔纳多特作为第一军军长，正率部驻扎德意志的汉诺威。为了对部队的调动保密，他谎称要回法国，当部队到了符兹堡后，他又宣称是来接管防务，在严格的欺骗和保密措施下，盟国情报人员根本无法得知法军的真正动向。
在乌尔姆会战中，和第三军、巴伐利亚军一起抢占伊萨河，防止俄军增援乌尔姆。
但在追击奥地利-俄罗斯联军时，他犯了一个愚蠢的政治错误(也有人认为他是故意的)，为了争取时间，他满脸抱歉地率军强行从敢怒不敢言的中立国-普鲁士的安斯巴赫候国的领土上越过，这让柏林很不愉快，一旦普鲁士参战对法军将是灾难性的，还好普鲁士人决定看看会战结果再说。
1805年12月2日，贝尔纳多特率第一军(1.5万人)作为总预备队参加了奥斯特里茨会战，他们参与了最后的进攻。虽然会战很激烈，但第一军损失微不足道，这归结于贝尔纳多特谨慎(过于谨慎)的指挥。
1806年夏，贝尔纳多特奉皇帝的命令，"言语恳切，带着和平诚意&qu
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