为州里面只有几个官太粗疏。所以他下令把涿州和涿鹿卫、涿鹿左卫、涿鹿中卫合并为涿鹿区，仿照京城三城区设三署。
（涿州和涿鹿三卫所在示意图，出自宁南左侯绘制的万历三十年北直隶界内都司卫所图）
同时设立守备营，从军官、军户之中挑选精锐，负责当地守备。
卫所军官对军户的管辖权，被政务署剥夺，司法归廷尉署，执法归卫尉署。
他们除了能世袭官职外，再无治理军户的权力。甚至进入军中任职，还要降三品任用。正六品世袭百户，只能从正九品干起。
这在涿鹿三卫中引起很多世官反对，他们纷纷找关系上疏，请求皇帝收回这条旨意。
但是京城的五军都督府，此时已基本丧失了管辖卫所的权力。勋贵也在绸缪着如何去海外开辟领地，哪里顾得上这件事。
尤其是皇帝在和英国公等勋贵谈话时，提到要调遣一些卫所军官，帮他们开辟领地后。
这些人纷纷认识到，皇帝是想要改变卫所制度，把不顺从的卫所官员，全部迁移海外。
所以他们对此事缄默不言，唯恐开口反对后，被皇帝作为打击对象，立刻派往海外。
涿州三卫的世官，还想要发动其他卫所世官反对。但是不等他们动作，锦衣卫派去涿鹿区的卫尉署，就把一些人的违法犯罪事迹查出来。严重的被削去世官，不严重的被迁移海外——
大约有一半的涿州三卫世官，因此被迁移去东宁岛。正应了卫所的名字，被派去类似古时涿鹿之野的地方捕鹿。
剩下的世官，纷纷噤若寒蝉。积极配合涿鹿区的改制，甚至把侵占的卫所土地，配合上交出来。
朱由检对这些人全无顾忌，是因为上半年他让徐光启从京城周边卫所挑选新军时，就摸清了他们的底细。
知道涿鹿三卫不堪战的他，大规模迁移了反对改制的世官。并且把卫所土地收回重新分配，根据这些军官的世袭职位和祖上功勋，为他们分配了世业田——
之所以不像海外世官称爵田，是因为他们的世官没有转为爵位。朱由检不想在地方放置一堆爵爷，以后难以管束。
剩余的土地则是分给军户，对于分不到土地的，允许转为民户。
这个命令一下，很多涿鹿三卫的军户，连土地都不要了
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