“移交案卷是大事，这件事一定要办好。”
“大理寺要建立专门的档案室，分门别类编号，存储好这些案卷。”
“以后所有案卷要分密级，供不同级别的人查阅。”
“除了永不解密的，其它案卷根据密级划分，在十到三十年内解密，允许公众查看。如果将来印刷技术成熟，可公开印刷出版。”
“所以大理寺的断案要慎重，要经得起时间检验。”
“刑部和都察院要做好监督，不要让大理寺和地方衙门胡乱断案。”
告戒了三法司一通，朱由检继续说钱谦益的事情，询问群臣道：
“你们说钱千秋的案子，算是结案了吗？”
温体仁把案子重新提出来，当然不承认已经结案，一口咬定道：
“钱千秋不曾到官，当然不算结案。”
钱谦益否认这种说法，认为已经结案：
“钱千秋其实到官，臣岂敢欺皇上。”
两人各执一词，又没有案卷作证，朱由检无法分辨谁对谁错，询问阁臣道：
“你们说钱千秋案结案了吗？”
阁臣中现在没有一个东林党，当然不会偏向钱谦益，反而对这个回到朝中便兴风作浪的东林党人有些不满，没有人为他说话。所以他们敷衍道：
“案卷找出来后，这件事就明白了。”
意思是把这件事推后，留待以后再说。
朱由检也是这个意思，想要用这个案件牵住钱谦益，避免刚回到朝堂的官员以他为首，反对自己在年前定下的政策。所以他询问其他臣子道：
“卿等还有意见吗？”
群臣大多没有意见，唯有太常寺卿李标，作为钱谦益的上级，不得不为他辩解两句，说道：
“科场舞弊之事，实与钱谦益无干。”
朱由检对李标这个太常寺卿还算尊重，认真解释道：
“朕也希望无关，否则浙江的举人秀才，就要闹起来了。”
“为了明正视听，朕决定让大理寺重审此案。将此事查得清清白白，以免世人误解。”
又向钱谦益道：
“钱少卿，朕不是要针对你，而是乡试的事情太大，必须有个说法。”
“你也不想背着嫌疑，以后被人在后面指指点点吧？”
钱谦益想说这件案子已经结了，根本不用再审。但是又知道既然被温体仁提起来了，就必须有个结论——
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