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所以他要求皇帝明确，锦衣卫如果抓人，都要通过卫尉寺，驾帖由刑科佥批。
已经退了一步，朱由检没有在这点上模糊，决定道：
“锦衣卫如果缉拿不法，都会以卫尉寺名义。”
“驾帖和逮捕令要规范，卫尉寺自行决定逮捕的，在朝廷需要刑科佥批，在地方没有刑科，那就由当地提刑按察使司佥批。”
“三法司申请卫尉寺逮捕的，不需要另行佥批。”
这是在明确权力、简化流程，群臣没有异议。
万历怠政时期有时候刑科没人、锦衣卫就没法逮捕的事情，他们也不想再经历——
当今天下的盗匪那么多，不可能把逮捕令都送到朝廷，让刑科给事中一一佥批。
地方提刑按察使司有佥批权，是非常有必要的事情。群臣都希望卫尉寺打击盗贼，让天下更加安定。
三法司申请逮捕的罪犯，自然也不需要另行佥批。
朱由检的这些举措，让他们知道皇帝确实在为朝廷考虑。他们也愿意就这个问题，继续商讨下去。
但是朱由检接下来的要求，他们的意见就比较大了：
“卫尉寺专业性强，而且涉及机密，属员要自行任命，无需吏部参与。”
“如果诸位赞同这一点，朕就按这个方式设立卫尉寺。”
“如果不赞同，那就另行商议。”
另行商议就是搁置，佥批的事情好不容易定下来，怎么能因为一些属官打乱。
最终，在群臣和皇帝的商议下，在吏部为了大局的主动退让下，众人议定除了卫尉寺卿之外、卫尉寺少卿也由吏部会同兵部、刑部、都察院、大理寺，从锦衣卫中推选。
其他卫尉寺属员，可以自行任命。
卫尉寺设立的事情，就此定了下来。
《明史》：汉朝会，则卫官陈车骑，张旗帜。
唐沿隋制，置卫尉卿，掌仪仗帐幕之事。
宋卫尉领左右金吾卫司、左右金吾仗司、六军仪仗司，主清道、徼巡、排列、奉引仪仗。
元置拱卫司，领控鹤户以供其事。
明初，置拱卫司，秩正七品，管领校尉，属都督府。
后改拱卫指挥使司，秩正三品。寻又改为都尉司。
洪武三年，改为亲军都尉府，管左、右、中、前、后五卫军士，而设仪鸾司隶焉。
十五年，罢仪鸾司，改置锦衣卫
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