张居正、申时行的密疏都在朱载坖的案头，朱载坖一时有些无法决断，但是此事又无法询问外臣，朱载坖思来想去，决定召见左都御史海瑞，朱载坖直接问道：“现在外间举荐吏部尚书，多以方逢时、王锡爵合宜，海卿以为如何？”
面对朱载坖的这个问题，海瑞没有立即回答，而是问道：“陛下以方逢时、王锡爵为何等样臣子？”
这个问题，朱载坖也要仔细思量一下了，方逢时长于边务，才略明练，处置边事，皆协机宜，颇有当年杨博的风范，假以时日，绝对是军务的一把好手，而王锡爵则是朱载坖准备培养入阁的重臣，两者确实有很大的不同，从锻炼大臣的角度来看，吏部显然更加适合王锡爵。
朱载坖于是结束了海瑞的召对，随后下旨，原吏部左侍郎掌流外铨选院事杨巍升吏部尚书，原顺天巡抚、翰林学士王锡爵升吏部左侍郎掌流外铨选院事，原右副都御史、兵部左侍郎方逢时升右都御史兼通政使，原右副都御史严清加兵部左侍郎衔任三边总制，算是将部院重臣的职务进行了一轮调整。
朱载坖的这个调整是经过精心的考虑的，首先就是吏部尚书杨巍，这是朱载坖经过很慎重的考量的，杨巍是张居正的同科，嘉靖二十六年的进士，现在算是资历深厚了，中进士后先在户部见习，后授常州府武进县任知县。三年任满，考绩最佳，经巡抚连章举荐，内调兵科给事中。然后又担任山西按察副使，右佥都御史巡抚陕西、右副都御史，巡抚山西、兵部右侍郎、吏部左侍郎。
可以说杨巍的资历是很深厚的，地方州县、科道、巡抚、部院全部都担任过，资历上是没有任何说的，同时素厉清操，性长厚，有时望，性格相对温和，能够稳定局面，同时倾向于首辅张居正，也有足够的威望总领吏部。
而调王锡爵担任吏部左侍郎掌流外铨选院，一方面是是锻炼王锡爵的能力，将其放到部院予以考察，另一方面就是将王锡爵放到了入阁的第一队列中来了，同时作为申时行的政治盟友，王锡爵在吏部也能够起到异论相搅的作用，保证吏部在朱载坖的掌握之中，温纯则是朱载坖的放在吏部的眼睛。
而将方逢时调回京师，担任通政使，一方面是对他予以考察
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