这次的交锋对于张居正来说可谓是亏大了，洪朝选一个刑部尚书换掉了张瀚一个吏部尚书，对于张居正来说无疑是亏麻了，使得张居正能够有效的掌握吏部，现在已经成了一个问题，自己倒真是小看了申时行，虽然申时行一向低眉顺眼的，但是每想到动起手来是一点都不客气，出手就是杀招。
既然申时行已经出招了，张居正自然也不会客气了，在张居正的授意下，大批官员们上疏弹劾礼部尚书徐学谟，弹劾徐学谟的原因也很简单，就是徐学谟不当担任礼部尚书，因为自从正统以来，礼部尚书非翰林不授，惟席书以言“大礼”故，由他曹迁；万士和不由翰林，然先历其部侍郎。学谟径拜尚书，有违国朝定例，应当予以罢免。
而且言官们认为，徐学谟之所以能够超拜礼部尚书，是因为他和大学士申时行的姻亲关系，他们不仅是苏州乡党，还是姻亲，理应将徐学谟的礼部尚书予以罢黜，不得不说张居正的反击是非常之凌厉的，张瀚刚刚被罢黜，张居正就立即准备将徐学谟拉下马，而且徐学谟是现在申时行在部堂中唯一的坚定盟友，要是将徐学谟撵出朝廷的话，对于申时行来说是极为不利的。
但是御史弹劾的理由使得申时行不得不避嫌，毕竟徐学谟和他确实是乡党，而且是姻亲关系，申时行也遭到了弹劾，不得不闭门待参，眼见事情闹得越来越大，朱载坖也不想因为此事搞得整个朝廷不安宁，于是召见了首辅张居正，朱载坖说道：“眼下朝局不稳，首辅还要多尽心啊。”
张居正赶紧答应下来同时请求朱载坖下旨让申时行回内阁视事，但是对于徐学谟的事情，张居正绝口不提，朱载坖明白张居正的意思，就是要将徐学谟拉下马来，好剪除申时行在六部的势力，对于这些大臣之争，朱载坖是不愿介入的，但是朱载坖的底线是不能因此影响朝廷的稳定，在交代了此事之后，朱载坖命令东阁大学士申时行回阁理事。
而徐学谟也确实是顶不住这么多官员的上疏，主动请辞，朱载坖也予以批准，调徐学谟担任操江提督，眼下六部尚书去位一半，朱载坖很清楚，不能因为此事影响到了朝廷想行政，必须从速决断，免得事情迁延。
朱载坖于是不等臣子们上
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