在朱载坖的支持下，张居正以漕运为抓手，开启了改革的大幕。
同时张居正还奏请朱载坖，提前举行大计，而且张居正这次奏请的大计和以往的大计是有所针对的，张居正向朱载坖详细陈述了自己的策略，张居正这次奏请的大计，是专门对于大明各布政使司的账目进行清查，厘清布政使司的详细开支，同时对于大明的财政进行第一步的改革。
张居正认为，以往大明的财政收支过于笼统，大明的赋税，由地方州县征收而来，除了由朝廷直接管理的海关、盐税、钞关等收入之外，其余地方的田赋、各种土产、上供等，都是由州县解运至太仓，这部分被称为起运钱粮，而剩余的留在地方供地方官府日常开支的，被称为留存钱粮，是固定比例的，三成留存，七成起运。
这样显然是不合理，存留是指一部分赋税留于地方，用作常规支出。该项钱粮分别储存于司、府、州县、卫所仓库。用于地方官府的日常开支，而这也就是造成地方官府困顿的一个主要原因。
朝廷将将大部分赋税定为起运，并且不许拖欠，其支出也由户部亲自把关，而地方官府能够支配的钱粮就极为有限了，而朝廷对于地方官府也大部分时候处于一种被严厉控制的情况下。
这些留存钱粮，由司、府、州、县长官具体主管。此外，赈济、营建、水利等非常规支出，若动支存留钱粮要事先请示朝廷，地方官府不得擅支。存留虽用于地方支出，但朝廷也实行必要的控制。常规支出要按朝廷的规定进行非常规支出则事先奏请，事后层层报户部，接受审核。
朝廷对于地方官府控制的太严、太死，直接导致的后果就是地方官府采取种种手段，增加额外收入，加派，甚至于横征暴敛，从百姓手上刮地皮，搞上有政策，下有对策那一套嘛，被称为羡余引，这是地方官府独立支配的小金库，是各地起运以外的、诸项收人用于常规支出后的结余，主要是正额税外的赋敛。
朝廷对于这些收入的来源、去处，其实是很难掌握的，据左都御史海瑞、总督仓场户部尚书王国光等人的奏报，地方官府的羡余来源主要有几个部分构成。
其一，存留田赋加耗。地方官府为了保证起运钱粮能够足数交解到户
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