太仆寺拨给官军之后，官军饲养不善，或者根本没有足够的饲料饲养这些战马，导致战马死亡。朱载坖为此下令，统计各镇实有战马数量，照战马数量拨给豆料、马草，同时各级军官要是因为管理不善导致战马大量死亡的，都要受到严惩。
除此之外，就是马匹的收购了，大明原有的马户制度现在已经算是基本崩溃了，就算是马户交上来的马匹，也多是不堪乘骑的劣马，官军所需要的马匹，大多是够买而来的。
除了在辽东等处购买马匹之外，西南、西北的茶马贸易也是重头戏。尤其是河州，是大明获取西北优良战马的一个重要渠道，永乐年间，一年就可以河州卫各番马７７１４匹，上马每匹茶６０斤，中马４０斤，下马递减之，共给茶２７８４６０斤。
在茶马贸易兴盛的时候，甘青藏区河、洮、岷、西宁等地番族每三年应纳马１４０５１匹，平均每年约４６８４匹，这个数字可算不少了，足够组建一支强大的骑兵，以供官军甘肃、延绥、宁夏三镇用了。
但是随着朝廷的财力不足，加之对于马政的不重视，通过茶马贸易来的战马数量逐年下降，到了嘉靖朝已经不足千匹了，这严重制约了三边官军的战力，宣德、正统以来，战争、灾异等造成民夫大量流失，运力严重不足，而官兵又以运粮为重。从四川、湖广向西北运输茶叶，交换战马被朝廷视为不急之务，边镇缺乏茶叶，自然就无法换取到足够的战马了。
杨一清就曾经上疏嘉靖称：“因边方多事，陕西军民转运军饷，无暇运茶，腹里卫分官军又各调去甘凉宁夏等处征操，别无官军可调，茶马因是停止。”
朱载坖这次要将西北的茶马贸易重新振作起来，由内帑出银，雇用民夫和官军，向西北运输茶叶，换取战马。
除此之外，朱载坖也要加强太仆寺的养马，育种工作，这方面朱载坖将此事交给了驸马都尉李和，升他为中军都督府都督佥事，到辽东去收购辽东神骏，并且重建和恢复辽东的苑马寺，利用从女真等部购得的战马，在辽东繁育，朱载坖为此专门从内帑拨银十万两，以期能够振作大明的马政。
朱载坖还对马政做了规划，他命令李和，在辽东收购马匹的时候，要注意战马和驮
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