下，以为后来者戒，二就是准备处理相关的涉事官员。
一就是和本案直接有关的官员，浙直总督赵文华、南直隶巡抚唐顺之，不能查知奸情，各罚俸半年，苏州知府林懋举，身为州县官员，放任周如斗与苏州士绅勾结，事情不能有所察觉，事后没有及时上报，降为知州，发边远任用。
二就是和周如斗有关的官员，右都御史鄢懋卿，不能整肃宪纲，罚俸半年，以为惩戒。南京都察院一应官员，俱为失察，降官一级，以观后效。吏部尚书李默，用人不当，罚俸半年，夺子孙荫官一级。
苏州推官海瑞，能够查知奸情，审明是非，升为苏州同知，署理府事。锦衣卫指挥掌南京锦衣卫事朱希孝、锦衣千户陆绎，忠勤王事，各加一级，南直隶巡按赵贞吉，审断得力，免考一次，赏银五十两。
嘉靖将一系列的决定公布后，朝堂上的官员们并没有想象中的议论汹汹，反而是一番常态的沉默，因为徐阶已经在下面做了大量的工作，安抚东南的官员，再加上此案已经是铁案了，任何人也翻不得。