军户的正军要每年在农闲时节参加操练，但是操练的时候是要给予饷银的，一旦被选为脱产军士，就可以免除籽粒，这是朝廷对于士卒的优待。
第二就是军士子弟在卫所可以享受到一些特殊待遇，如卫所士卒子弟可以免费就读卫学，其中成绩出色的可以由卫所向地方推荐参加科举和参考军事学院，这些都是地方百姓所不能比拟的，所以在大明，现在卫所军籍反而又受到重视了，所以朱载坖命令招募军余子弟和民间的无地百姓，充实各个卫所。
同时将大量在镇协官军中年龄较大的下级军官转入卫所之中任职，这些军官们战斗经验还是十分之丰富的，但是由于现在官军主要是从军事学院中毕业培训的军官作为基层军官的主力，这些从士卒中成长起来的军官年龄偏大，对于新武器，新战法的适应能力不足，但是朱载坖认为他们丰富的军事经验仍然是极为重要的，所以要将这些年纪偏大，但是有丰富作战经验的军官们调任卫所，让他们负责组织卫所士卒的训练，加强朝廷的预备役建设。
除了这些事情之外，还有就是对于南方卫所的调整，尤其是东南、两广卫所的调整，这些地方由于地狭人稠，朝廷所直接控制的土地是很有限的，如果朝廷在这些地方还是要坚持每军授田五十亩的话，无疑会极大的激化卫所和地方的矛盾，但是东南乃是财赋重点，南京乃是大明留都，太祖高皇帝陵寝之所在，不能不重，所以朱载坖特地指令对于南方尤其是东南等地的卫所，要采取不同措施。
对于卫所现有的军屯，自然是不能再被侵夺了，这点朱载坖的态度是很坚决的，南方各卫所按照现在各卫所实有的土地，向军士授田，朱载坖很清楚，南方尤其是东南各卫所的军屯土地肯定是极为不足的，所以必须要加强其他方面的资助，保证军户的生存，所以朱载坖命令在东南等府县兴办朝廷的官营工场，招募卫所军户和军余子弟进入工场，给予报酬，解决他们的生计问题。
东南手工业、纺织业发达，现在朝廷官军所需要的各种口粮、被服等都是从东南采购的，朝廷也要建设相应的工场，推广使用机械，为官军生产相应的被服、口粮、装具等，同时在南方扩大造船厂的规模，建设重工业
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