斯藏内部的斗争也是极为激烈的，后藏贵族支持的红帽噶玛派与经过巧妙策划联合贵族订立联盟的黄帽格鲁派之间的对抗。
为了消灭格鲁派，藏巴汗与噶玛噶举派联合康区的白利土司等结成反格鲁派联盟，共同对付格鲁派，使格鲁派陷入极大的困境之中。所以格鲁派希望大明对于格鲁派予以支持，这点朱载坖是认同的，朱载坖一向支持格鲁派，利用格鲁派的传播加强大明对于这些边疆地区的控制，以护持佛法之名，行笼络人心之实，将宗教权威与皇权结合在一起。这是朱载坖之前一直想做的。
之前索南加措在世的时候，曾经向朱载坖上疏，请求为朱载坖上尊号为文殊菩萨大皇帝，但是被朱载坖所拒绝了，主要是由于众所周知的原因，朱载坖的父亲，也就是灵霄上清统雷元阳妙一飞玄真君、九天弘教普济生灵掌阴阳功过大道思仁紫极仙翁一阳真人元虚玄应开化伏魔忠孝帝君、天上大罗天仙紫极长生圣智昭灵统元证应玉虚总掌五雷大真人玄都境万寿帝君由于崇信道教，对于佛教一向是采取打击的态度。
而朱载坖即位之后，基本延续世宗皇帝的宗教政策，虽然朱载坖本人不崇信道教，但是朱载坖和天师府等的关系也是非常不错的，皇室和道教各门派的关系也是比较融洽的，接受这一尊号，和朱载坖一贯政策是不符的，更加重要的问题就是祖制的问题。
因为当年五世噶玛巴活佛前来南京为成祖的已故双亲还愿荐福时，太祖和孝慈马皇后分别被尊为文殊菩萨和度母的化身。而成祖和徐皇后被尊为曼殊室利和白度母的化身。朱载坖要是接受文殊菩萨大皇帝这个尊号的话，就有些哄堂大孝了，难不成朱载坖是重八哥的转世灵童吗？所以朱载坖是决不可能接受文殊菩萨大皇帝这一尊号的，这一尊号只能属于太祖皇帝。
但是现在朱载坖显然是要继续支持格鲁派的传播的，所以朱载坖对于格鲁派还是要予以扶持的，在和重臣们商量了之后，朱载坖决定给格鲁派活佛赐号万行且足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛，领天下释教，以大明朝廷和皇帝上谕的形势对格鲁派活佛的宗教地位予以肯定，明确肯定格鲁派的地位，以朝廷的形式支持格
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