朱载坖认为对于蒙古人，要利用好宗教这个武器，用宗教和经济手段对于喀尔喀部、卫拉特部予以拉拢，统治，当然，军事手段也是必不可少的，对于蒙古诸部，大明必须要展示自己强大的武力，在官军的武力支持下推动这些政策。不过武力手段的作用相对降低，而宗教和经济手段的作用相对上升，这点是朝廷经略蒙古的原则。
朱载坖认为，打服蒙古是第一步，武力威慑自然是需要的，但是在武力威慑之后，经济和宗教等手段也应该立即跟上，同时加强对于这些地区的管理，朱载坖要求将办事大臣制度化，在外边以及藩篱属夷地区，都要设立相应的办事大臣，加强朝廷对于这些地方的管理，尤其是外交和边防，是办事大臣主要要关注的事情。
现在朝廷所设立的云中办事大臣，就是为了加强对于土默特部的管辖，而朱载坖所要求设立的科布多办事大臣，则是要巩固大明的西北边疆，加强对于卫拉特部的管理，现在的情况是杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河、鄂毕河上游和阿尔泰山西麓地区；准噶尔部游牧于巴尔喀什湖南部、伊犁河流域；土尔扈特部游牧于额尔齐斯河上游、斋桑泊以南和天山北路塔尔巴哈台地区；和硕特部原游牧于乌鲁木齐一带，现在已经北迁。
朱载坖认为，卫拉特部日后的住牧地主要是在现在土尔扈特、杜尔伯特等部的住牧地，守卫额尔齐斯河、巴尔喀什湖和阿尔泰山等地，成为大明西部和西北藩篱，同时这些蒙古人也要成为大明抵御回教渗透的堡垒，朱载坖对于回教一向是极为防范的，现在回教在西域传播，使得朱载坖认为必须要采取措施了，所以朱载坖准备支持格鲁派，同时利用格鲁派加强对于蒙古的控制，抵御回教的渗透。
朱载坖认为，要将乌斯藏和蒙古统一经略，这样才能够加强朝廷对于西部边疆的控制，之前索南加措就曾经上疏朱载坖，陈奏过现在格鲁派的困境，虽然格鲁派现在的发展是很快的，格鲁派在乌斯藏地区得到迅速传播，特别是格鲁派建立其所属寺院之后，教派规模逐渐形成庞大的寺院集团，其势力也不再局限于乌斯藏地区，而已远及阿里、青海等地。格鲁派的急速发展引起了噶玛噶举派和藏巴汗的仇视，现在乌
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