了所谓的世选，由兵部组织对这些应当袭职的军官们予以考核，根据考核成绩，每次比试上等且名次靠前的新袭武官，由兵部直接选用为提调、把总等镇戍、京营将领，剩下的发回原卫所担任掌印、佥书等军政官；次等则发回原籍，由抚按任用为卫所杂差官或担任营兵基层军职。于是，袭替比试由过关考试，演变为甄别新袭武官的选拔考试。
同时对于无意继续从军的军官子弟，朝廷也允许他们放弃世职，改习他业，减少卫所世袭军官们的数量，嘉靖朝的时候，通过各种手段，在世职贴黄继续增多的同时，实际袭替的官员却因赴京袭替道远费多，官吏索贿刁难，武官子孙弃武就文，袭替资格受到限制等原因而逐渐减少，同时增加其他途径进入军中的军官。
朱载坖实施镇协官军制度之后，作为朝廷的常备军和野战的主力，镇协官军的军官虽然主要也是以世袭军官为主，但是毕竟是经过武学培训的，其次就是朱载坖即位以来经过多次用兵，大量的士卒因功被提拔之后选送入武学深造之后再担任低级军官，同时两京各初级武学也面向民间招考，通过这种形式丰富军官们的来源。
而在朱载坖进行一系列的改革之后，卫所官军在大明军队的中的地位逐步下降，朝廷通过这种形式将镇协官军作为朝廷的武力支柱，削弱卫所官军的重要性，在这种情况之下，各地的镇协官军和卫所官军互不统属，朝廷才好对卫所官军下手整顿。
朱载坖首先宣布禁止卫所军官私役军士，霸占屯田的行为，对于有这种行为的军官，军士可以向巡按御史、清军御史和卫尉寺官员反应，一经查实，予以严惩，对于这些私役军士的军官，要剥夺他们的世职，这点是毋庸置疑的，同时还要打散卫所的隶属关系。
原本卫所军官能够私役军士或者是霸占屯田，主要的原因就是他们是世代为官，很多时候，这些百户、千户等职务虽然在袭职的时候也需要兵部考选，但是兵部官吏在受贿之后往往发回本卫任职，使得他们之间形成盘根错节的关系，这样一来，尽管都司的军官和指挥使都是流官，但是从指挥使以下都是世官，他们往往通过互相联姻等方式形成了一个极为庞大的利益集团，把持卫所事务，朝
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