当然，对于当下的大明朝廷来说，最紧迫的问题就是西番和西域的问题，对于由索南加措去世所引起的有关活佛继承的问题现在还尚未解决，虽然朱载坖已经命令理藩院制定相应的则例了，但是乌斯藏是否能够接受，还是一个未知数。
朱载坖的态度是很简单的，就是这是朝廷的决策，由不得西番在这个问题上讨价还价，这点是朱载坖的底线，虽然朱载坖现在是希望通过羁縻的手段控制乌斯藏，但是并不排除动用武力，朱载坖当然很清楚官军现在上雪域高原是很困难的一件事情，但是朱载坖必须展现出强硬的姿态，来逼迫乌斯藏接受朝廷的条件。
所以朱载坖任命襄国公李成梁为征西将军，前往西宁驻节，同时在西宁校阅三边官军，威慑乌斯藏，而令朱载坖和大明朝廷比较头疼的是西域的问题，之前瓦剌部被达延汗所击败，西逃到西域去，原本瓦剌部已经逐渐被削弱了，景泰年间，瓦剌太师也先在纷争中败亡，蒙古草原陷入混乱。随着瓦剌实力衰落，瓦剌首领已无力单独同大明保持朝贡关系，故而大多是与哈密使臣或小王子伯颜猛可王的使臣同来。
但是朱载坖在北方大举扩张大明势力范围，多次对蒙古出兵，同时收复了河套，消灭了土蛮部，使得大明在北方的势力范围得到了大举扩张，而在这些举措的背后，是大量的蒙古部落西迁，这些不愿臣服于大明的蒙古部落，都纷纷西迁，如鄂尔多斯部、土蛮部残余等，他们的西迁都极大的加强了瓦剌部的实力。
原本瓦剌部在西迁到西域之后，面对哈萨克人、吐鲁番的维吾尔人等的打击，瓦剌已经是分崩离析了，从也先被杀之后，瓦剌的实力原本是一降再降，瓦剌在哈密原有的地位被土鲁番所取代，虽然瓦剌活动重心移至哈密一带，也已经无法控制这一地区了。因此为争夺哈密地面，瓦剌与土鲁番的关系是充满矛盾冲突的，阿黑麻速擅时期，由于瓦剌屡被打败，并受残杀，瓦剌人给阿黑麻取了“杀人魔王”的绰号。
为了能够在西域立足，甚至多次向大明朝廷上疏，愿意诚心内附，但是当时的大明朝廷没有足够的能力处理西苑的事情，所以并没有搭理瓦剌，但是现在大量的蒙古部落西迁，使得瓦剌的力量大幅度
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