均上缴太仓的盐课银在总数中所占的比重，明显低于其引额的比重。两淮与广东食盐课税在朝廷财政中所占的比重相差如此悬殊，除了与食盐产销量有关之外，还在于二者上交朝廷的盐课数额占其盐课总额比例的差异。
两淮运司的盐课所得全部解纳太仓，而广东运司的盐课收入则有相当一部分留作本省之用。广盐入销赣南地区以后，南安、赣州二府盐税收入中除去交纳太仓的部分，其余也归广东省支配。而吉安、袁州、临江三府的盐税，则部分解纳太仓，部分留作赣南军费开支。
所以从某种意义上来说，两淮盐销区上交太仓盐课数额的多少，在很大程度上决定了朝廷盐课收入水平的高低。两淮盐销区的利益就是朝廷的利益。所以，不管是朝廷、户部还是盐政衙门都竭力维护淮盐行销区的食盐运销。但朝廷保护淮盐行销的举措，难以避免地构成对入赣广盐的限制，从而客观上侵害了广东与赣南方面的既得利益。也就形成了朝廷和地方的矛盾。