下旨道：“叶淇变开中之制，令淮商以银代粟，盐课骤增至百万，悉输之运司，边储由此萧然矣。此遗祸后世之举，岂可赠官？着夺去叶淇一应追赠，追夺出身以来文字，禁毁一应违禁之物。”
朱载坖的这个旨意，对于叶淇的惩处已经是极为严厉了，不仅将一应身后恤典都予以剥夺，甚至追夺出身以来文字，还要禁毁违禁之物，也就是当年按照官员品级为其营造的墓穴、墓志铭等，都要一并予以毁禁，朱载坖这个时候采取这个行动的原因是很简单的，就是为了给两淮盐商们提提醒，让他们明白大明是谁说了算。
除此之外，张居正还提出了一个建议，就是重新厘定朝廷各地方的盐税分配比例，其实在之前的行盐地域争端之中，朝廷大多支持两淮运司，除了两淮盐商在朝廷上下有丰富的人脉之外，也和朝廷的利益有直接的关系，这就是张居正所提到的第二对矛盾，也就是朝廷和地方的利益矛盾。
之所以朝廷在之外的盐区争端中，一向采取支持两淮运司的态度，根本原因是为了维护朝廷的盐税收入，广盐和淮盐的盐区之争，更加深刻的反映了朝廷和与粤赣地方官府之间的矛盾冲突与利益分割。朝廷利益与粤、赣两省地方利益之间的分割，在很大程度上取决于赣南地区淮盐与广盐销售市场的相互消长。
这主要是因为淮、粤两大盐销区不仅在食盐课税上相差悬殊，而且在朝廷财政收入中所占的地位有着明显的差异。作为大明第一大盐区的两淮盐区，其岁办盐引数额位居所有盐区之首，盐税更是远超其盐引比例，这就意味着两淮年均缴纳太仓的余盐银在总数中所占的比重，不仅高居所有盐区之首，而且远远高于其引额的比重。
对于朝廷来说，销售一引淮盐所获得盐课，是远远高于广盐、解盐、灵盐还有其他各盐运司的，也就是说，对于朝廷来说，淮盐所带来的利益是最大的，所以很多时候，为了朝廷的盐课收入，朝廷都会选择支持淮盐，但是地方明显是倾向于本地或者相邻的盐运司的。
还是以淮粤之争为例，广盐约占全国盐引总数的二十分之一，但是其向朝廷上缴的盐课仅仅只有一万一千余元，还不到朝廷盐课总收入百分之一，广东盐销区年
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