遂停止追击，转而下令攻打大明帝国万全都指挥使司从柴沟堡进入内地，过万全左卫、宣府前卫、宣府左卫、宣府右卫、保安州（保安卫）过延庆州走永宁县，避开永宁卫与延庆左卫彻底摆脱大明追兵，成功返回长城关外。
途中还收拢了漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔），所部遗众数万人，迫使漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗亡命到朵甘都指挥使司（青海蒙古土默特部），在逃难过程中部众大量流失。
7月初6日，来到北直隶顺天府紫禁城内的孙元化、王徵，等官员上奏诏安山东承宣布政使司叛军之事，但却被众官员弹劾。
连同王道纯等官员也一起被抓下狱治罪，至于王徵因为朝中好友官员力保，仅仅只是发配到山东都指挥使司莱州卫充军，免除一死。
7月10，明叛将：孔有德，再次用诈降术来对付一起出城招抚叛军的明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两人还传令让明山东总督：刘宇烈、明山东总镇总兵：杨御蕃，也来招降。
其中明莱州府知府与明登莱巡抚，闻讯刚到叛军军营门口，就被叛将：李九成，残忍杀害。
此时莱州卫城内的杨总镇总兵，也果断下令向叛军密集处开炮，导致叛军们死伤累累，还上奏朝廷请求增援，并且断绝招抚念想！
然而面对明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两位官员的死，也让朝廷彻底认识到了招抚政策已经无效，不应该再对孔李二人抱有任何幻想，因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，也打算全力征调精兵围攻叛军。
甚至还从辽东都指挥使司前线，抽调了2千战斗力强悍的关宁铁骑兵前来参与平叛。
8月13日，朝廷任命明都察院右佥都御史：朱大典，为〖山东总镇巡抚〗前来救援莱州府。
很快明山东总镇巡抚：朱大典，就率领数万兵马以及关中劲旅抵达山东都指挥使司德州卫、德州左卫，一带并迅速过济南府、青州府，在率军行进到莱州府昌邑县，就此几路援军们开始集合并誓师。
其中关宁军由明宁远卫总兵：金国奇、明内官监太监兼登莱监军：高起潜、明宁远卫左参将：靳国臣、明广宁左屯卫指挥使：祖大弼、明宁远卫右
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