杀死女主角之后，诺亚却对能够击败自己的女主角产生了非常大的兴趣。
正好这时候天空之城重新召回了诺亚，于是她便将女主角的脑袋一起带到了天空之城。
诺亚本来就是天空之城的人，因研究“业力学”和人体改造等禁忌课题，被天空之城驱逐到了地面。
到了地面之后她依然继续进行各种疯狂实验，是天空之城的重点监控对象。
不过作为顶尖科学家，她对天空之城有着非常大的利用价值。
到达天空之城后，她立刻使用各种最先进的技术秘密为女主角重新打造了终极躯体——伊玛吉诺斯体。
女主角苏醒过来的时候，诺亚已经被暗杀。
死前留下了录像，揭露了天空之城的真相：所有天空之城居民的大脑都被安装了生物芯片，意识被超级电脑Z操控，成为了维持秩序的“完美人偶”。
真相被揭露之后，超级电脑Z判定统治系统已经失控，并且无法修复，也就是人类没救了，于是执行终极自毁指令，毁掉了天空之城和地面连接的通道。
在超级电脑Z看来，人类只有完全听从它的指挥才行，否则人类贪婪的本性迟早会毁灭整个人类，这样“失败”的文明也不应该存在。
没有了地面“下层人”的供养，天空之城和“天上人”自然也将坠落。
女主角站了出来，以伊玛吉诺斯体的终极增殖能力重新构筑了天空之城和地面的通道，将天空之城托住。
自身还化为巨大的生命之网，覆盖了整个天空之城。
诺亚依然没有真正死亡，再次用分子机器重组了女主角的身体，女主角前往地面与男主角重逢，时间却已经过去了5年。
接下来一段男女主角的激情戏略过，总之就是小孩子都可以看的程度。
这时候又到了十年一届的“天顶格斗大会”，举办地点在天空之城上方的宇宙都市，获胜者可以实现一个愿望，女主角为了彻底寻回失去的记忆决定参赛。
为了替女主角报仇苦修了5年机甲术的男主角陪女主角一起参赛，引出宇宙世界观，由蓝星、月球、火星、金星、木星、土星等行星殖民地首领组成“圈外议会”掌控太阳系秩序。
“天顶格斗大会”是宇宙最强格斗赛，允许改
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