倒幕军攻入室町幕府驻地时，几乎未遇到像样的抵抗——幕府残余武士或四散奔逃，或放下武器投降，曾经权倾倭国的室町幕府，在一日之间彻底土崩瓦解。
后小松天皇站在幕府的议事厅内，看着墙上悬挂的足利氏历代将军画像，眼中闪过一丝狠厉，对着身边的近臣下令：“传朕旨意，将足利氏满门抄斩，鸡犬不留！凡与足利氏有姻亲关系、或曾为幕府核心重臣者，一律贬为庶民，流放荒岛！”
近臣有些犹豫：“陛下，如此赶尽杀绝，会不会引起其他番主大名的恐慌？”
“恐慌才好！”后小松天皇语气冰冷，“本天皇就是要让所有人都知道，谁敢再效仿足利氏开创幕府、架空天皇，这就是下场！只有彻底铲除足利氏的势力，才能让天下人敬畏皇权，才能让本天皇真正掌控倭国！”
自从镰仓幕府开始，天皇就沦为了幕府的傀儡，手中毫无实权——军政大权被幕府将军牢牢掌控，天皇不仅无法任免官员、调动军队，连日常用度都需仰仗幕府拨款，甚至连皇位继承都要经过幕府同意。
也正是因为如此，天皇原本尊崇的地位逐渐被削弱，昔日“神明后裔”的光环日渐黯淡。
到了室町幕府时期，这种轻视更是变本加厉：一些武士见了天皇御驾，不仅不行跪拜之礼，反而敢随意驻足围观，甚至私下议论天皇的容貌与衣着；部分地方番主大名路过京都时，连皇宫都懒得拜访，只派下人送去一份薄礼便草草了事；更有甚者，个别幕府重臣在与天皇议事时，竟敢直言反驳天皇的意见，甚至以“幕府有令”为由，直接否决天皇提出的建议。
曾有一次，北朝的光严上皇出巡时碰到一个美浓的守护土岐赖远，上皇的近臣喝道：“上皇圣驾到此，快快下马！”
土岐赖远闻听非但没有下马，反而大怒道：“你说清楚是院驾还是犬驾，若是犬驾，就射他一箭。”
说着，真的拔箭而射。
他的随从们一哄而上，把上皇车上的帘子扯掉，把车子掀翻，并把上皇身边的公卿打了一顿。
事后，土岐赖远被幕府处死，但引起下层武士更大的不满。
有人说：“如果没有天皇不行的话，就用木雕一个，或以金铸一个，把活的天皇流放到别的地方去，省得惹麻烦。”
有人哀叹道：
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