南朝甚至不得不默许武士、浪人转化为倭寇，通过劫掠大明沿海获取金银、粮食与物资，补充军费缺口。
这种“以寇养战”的窘境，令他们根本无力处理倭寇的问题——一方面，倭寇是南朝重要的物资来源，若真要清剿，等于断了自己的生路；另一方面，南朝本身兵力薄弱，即便有心约束，也缺乏足够的军队去管控散落在九州各地的倭寇团伙。
因此，即便怀良亲王偶尔会对大明做出“约束倭寇”的承诺，也从未真正兑现，倭寇对大明帝国的滋扰始终没有中断，从东南沿海的浙江、福建，到北方的山东、天津，百姓屡屡遭受劫掠，官府虽多次出兵围剿，却因倭寇“来去如风”，始终难以彻底根除，成了老朱在位期间始终未能解决的心头之患。