海关税费及进出口税费等收入，导致国家长期资金紧张。
在国内，由于朱元璋及其班底和军队出身白莲教红巾军，因此朱元璋深知白莲教及其信徒对国家的危害。因此，朱元璋得天下后，在全国范围内禁止白莲教活动，同时对具有白莲教背景的红巾军将领，采取“火烧庆功楼”办法一举屠杀，因此引起白莲教及红巾军残余势力的强烈反抗，使得国内到处血雨腥风、人人自危。
从此，朱元璋不再相信任何人，他废除宰相制度，改由皇帝专制，设立直属内阁配合皇帝专制，设立特务组织锦衣卫监视、审查和拘捕犯罪的朝廷官员，建立秘密民间组织——洪门（洪即是红，红与朱同色，因此洪门就是朱门），皇帝担任总掌门，监视白莲教及民间叛党，为保护朱家天下千秋万代。
朱元璋设计国家管理体系是中国有史以来最复杂、最严密和最苛刻的那种，尽管如此明朝国内的反抗和反叛仍然层出不穷。
因此，为了快速而有效地打击犯罪，朱元璋必须将军队战斗力提高到让一切敌人望尘莫及的程度。
明朝建立后，朱元璋让朝廷枪械局对火器进行了精准化、轻便化和防潮改良，因此明朝的单兵火器变得重量很轻，并安装瞄准装置，为防潮和装填弹药方便，设计了预先装好火药、散弹和点火装置的铜管，同时在枪械上设计装夹铜管和激发弹药枪膛，如此可以方便装填弹药及射击，同时装填弹药铜管可以多次重复使用，因此，大大降低枪械的使用成本。这种枪械已经非常接近现代枪械，那个铜管就是子弹前身。
朱元璋出身白莲教深受弥勒教（佛教派别）、明教（中国化拜火教）和道教（太平道流派）的影响，因此朱元璋具有非常客观的科学思想，道教认为：道法自然，自然能我亦能，自然有我亦有，因此道教科技人才发明借用风力的风车、风帆，借用水力的磨坊和加工作坊。
在朱元璋生活的时代，道教科学家已经开始研究出利用热蒸汽推动活塞和齿轮系统运动的装置。根据考古发现汉朝时，社会普遍采用类似现代高压锅的锅炉熬制牛胶（一种用牛皮熬制的粘合剂，用于家具和战车制造），因此明代科学家很容易获得源源不断高温蒸汽。朱元璋想把这种相当于现代
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