停蹄地奔赴京畿各地，为即将开展的土地清查工作做准备。土地清查是卫所改革的重要配套措施。只有摸清京畿地区的土地状况，才能将收回的卫所土地与兼并的土地合理分配，真正实现“耕者有其田”的目标。
经过与户部尚书程国祥等人的商议，朱慈烺决定将通州作为土地清查的第一站。通州地处京畿要地，既是护国军的重要基地，也是京畿地区土地兼并较为严重的区域之一。更重要的是，此次清军入关劫掠，通州因有护国军驻守，并未遭到战火波及，地方档案保存相对完整，便于清查工作的开展。
此次土地清查的依据，是户部存档的“皇册”。从洪武初年到永乐初年的土地登记记录。朱慈烺之所以选择这份跨度数十年的皇册，便是想弄清楚，从明太祖朱元璋时期到明成祖朱棣上位后，京畿地区的土地兼并究竟呈现出怎样的增长趋势，那些勋贵、士绅是如何一步步蚕食民田与卫所土地的。
为了尽可能减少改革阻力，朱慈烺还制定了一条重要原则：凡是拥有一百亩以下土地、且土地来源合法（有皇册记录或官方文书证明）的农户，其土地将保留不动，不纳入此次土地分配的范围。只有那些拥有一百亩以上土地的大户，才会被列为重点清查对象。若是发现其土地中有后期通过兼并、强占等非法手段获取的部分，将全部收回，重新分配给无地农民与护国军士兵。
这一原则的制定，既保护了普通农户的利益，也在一定程度上缓和了与中小地主的矛盾，使得土地清查工作能够得到更多人的支持。可即便如此，通州的土绅大户们依旧对此次土地清查充满了抵触。他们大多拥有数百亩甚至数千亩土地，其中不少是通过非法手段兼并而来，一旦清查深入，他们的利益必将遭受重创。
户部尚书程国祥对皇太子的土地清查工作给予了鼎力支持。为确保清查工作顺利开展，他从户部抽调了大量官员，上至侍郎，下至主事与衙役，再加上通州地方户部的官员，参与清查工作的总人数达到了数百人。除了户部的力量外，卢象升也从兵部派出了几十名熟悉地方军务的官员，协助清查卫所土地；朱慈烺还特意从护国军抽调了一些有文化、懂律法的军官，以及詹事府
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