降，调任福建水师提督，看似位高，实则被排挤在抗倭主线之外，多年来郁郁不得志，但据影卫与兵部可靠回报，其在任上并未懈怠，一直致力于整饬福建海防，操练水师，打击小股海盗与走私，在官兵中威望颇高，且对海寇、走私势力深恶痛绝。影卫对其总体评价是：忠勇善战，熟稔海情，廉洁自律，然性情刚烈，不善逢迎钻营，且年事已高，近年身体似有暗疾。
“俞大猷确有将才，且对海寇走私之害认识深刻。但他久在福建，与四海商盟在闽海的势力是否有牵连？且他已年近六旬，精力、锐气可还济事？能否驾驭广州、广东那边复杂的官场局面与骄横的广东水师？朕需要的是一个能统筹全局、协调各方、乃至在必要时压制地方势力的统帅，而非仅仅一员战将。”谢凤卿提出疑问，这也是用人的关键，尤其涉及异地调兵、协调多方。
“据影卫多年密查，俞大猷为官清廉，自奉甚简，与走私势力素无瓜葛，且因其在任大力整顿海防，严厉查处与海盗走私有关联的官吏将弁，与四海商盟在福建的势力多次发生冲突，商盟曾数次试图重金收买他，皆被其严词拒绝，并将来人痛斥驱逐，甚至上报朝廷。至于年事，”萧御道，“俞大猷今年五十有八，确已不年轻，然其常年身处行伍，驰骋海疆，身体底子硬朗，更难得的是经验老到，对东南海域风情水文、潮汐洋流、海盗活动规律乃至各股势力之间的恩怨纠葛，了如指掌。且其练兵之能，水战之谋，朝中罕有匹敌，昔年戚继光亦赞其‘水战之才，吾不及也’。此正是老成谋国、沉稳持重、可托付大事之时。至于能否驾驭广东水师及复杂局面……”