行动神速的多铎已率兵杀来。多铎于二月初八日奉旨往取南京，分兵三路挺进，三月二十二日取归德(今商丘市南)，二十九日下颖州(今阜阳)。
四月十九日，多铎大兵将扬州包围。为了活捉史可法，多铎下令诸军暂缓攻城。在此之前，多铎已遣使致函史可法，署称“豫王致书史老先生阁下”，史可法却将其书转呈朝廷。后多铎又接连五六次发出招降书，但史“皆不启，投之火中”。至此，多铎无奈之下，又令明降将李遇春持书前往扬州城下劝降。史可法怒斥其变节通敌。李遇春说：“公忠义闻华夏，而不见信于朝，死何益也!”史可法大怒，令发箭射李。
多铎在屡屡招降失败后，知道史可法殉国之志不可移，于是加紧攻城。二十五日，扬州城破随后的几天，因恨扬州兵民固守，抗命不服，多铎命清军大开杀戒，留下了屠戮扬州十日的历史记录。
扬州十日！绝不能忘！
扬州城破之后，有关史可法的下落成为一个下古不解之谜。当时人洪承畴就曾发问：“果死耶?抑未死耶?”此后关于史可法去向的记载、传说颇多。
有的说，史可法于城破时出城逃生。具体出逃过程又各执一端。
一为缒城出走，计六奇在《明季南略》中记曰：四月二十五日，清兵诈称明总兵黄蜚的援兵到，史可法令开西门放行，清兵进城，即攻击明军。史可法于城上见此状况，知无可挽回，即拔剑自刎，左右相救，遂与总兵刘肇基缒城潜去。
二是跨骡出城，乾隆《江都志》载扬州故老所言：城被破时，史可法“跨白骡出南门”，为此还有人赋诗云：“相公誓死犹饮泣，百二十骑城头立，瞬息城摧铁骑奔，青骡一去无踪迹。”
康熙年间孔尚任《桃花扇》，则认为史可法是沉江而死。史可法出城后，骑马渡河，因马蹶落水溺死。或说他出东门遇清兵堵截，自觉无望，即赴水自尽。
还有说清兵破扬州时，史可法便销声匿迹，不知所踪。计六奇于顺治六年(1649)外出，途中坐船遇一嘉兴人，自称是当年扬州抗清失败后逃出来的，他说城破时史可法下落不明。
一般史家通过对清代的史料加以分析，认为史可法于扬州之役被俘遇害。
《清实录》云
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