屠杀行为进一步严加追究，只要西班牙殖民当局保证华侨今后生命财产的安全，并宣布对殖民者“不忍加诛”，“其海外戕杀姑不穷治”，要求西班牙方面“当思皇帝浩荡之恩，中国仁义之大”。
明朝未出兵讨伐还有当时现实条件的限制。在西班牙屠杀华人大致同一时期，大明王朝进行了三场大规模战争：在西北的宁夏，西南的播州，特别是从万历二十年(1592)开始的长达7年与日本在朝鲜进行的战争。这三场大战明朝都取得胜利，但国家军事和财政能力损耗极大。
郑氏父子曾欲出兵
明朝的纵容使得殖民者对菲律宾华侨的欺压更加有恃无恐，绝境中的华侨不堪其苦。1639年，华侨再次发动起义，并坚持近4个月。这一次，西班牙殖民者彻底杀红了眼，无数华侨平民包括虔诚的天主教徒死于屠杀。
得知菲律宾华侨的悲惨处境后，1657年，坚持抗清的明朝大臣郑成功致函爪哇岛巴达维亚的一名华侨，要求他停止与西菲当局进行贸易。他还提出要率兵攻取菲律宾，以示惩罚。1662年，郑成功攻下台湾后，派人向菲律宾总督下书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，严令其改邪归正。
面对郑成功的威胁，西班牙人反而进行了第三次对华侨的集体屠杀。郑成功闻讯大怒，他一面抚恤逃到台湾的华侨，一面组织筹备军队，于是菲律宾岛上再度风声鹤唳，人人自危。当时荷兰人也威胁着西班牙人在菲律宾的地位，岛上菲律宾人反西起义频发，西班牙殖民者感到回天乏术，随时准备撤离。
但郑成功尚未出兵就出现内乱，不久郑成功病逝。他的儿子郑经接着治理台湾，并派人同西班牙殖民当局交涉。据说郑经在1670年和1671年两次准备征讨马尼拉，但因各种因素而未能出兵。