忽必烈来说，高丽发生了一件不愉快的变故，可以认为是第二次东征日本前的一个小插曲。
在那里，有人密告高丽将军金方庆私藏兵器战舰，试图攫取高丽政权，并起兵反元。甚至连高丽国王对忽必烈的忠诚度也被人猜疑。因证据不足，一时未作处理。
第二年1月，与金方庆同朝为将又同样被元世祖倚重的高丽大将洪荼丘接手了这个案子。他与金方庆素来不和，双方矛盾的焦点在于权力的争夺。他以酷刑逼迫金方庆招供，在冰天雪地里金方庆“肌肤冻如泼墨”，但是金方庆这位身经百战的将军没有招供。
忽必烈没有听从洪荼丘的一面之词，将金方庆召回元大都，试图将金、洪二人矛盾作淡化处理，还给予高丽政府更多的自治权。这一年，他赐给高丽国王一枚“驸马高丽王”金印。
忽必烈未必对金方庆没有丝毫的怀疑，作为一个在马背上出身又试图以“汉法”治国的帝国元首，他很清楚人性是什么东西。臣属的忠诚与否，在很大程度上只是取决于皇帝的实力。
南宋抵抗势力终于在公元1279年2月被元军荡平。崖山一役，南宋丞相陆秀夫背负八岁小皇帝跳海赴死，海上浮尸十万众，给南宋王朝彻底画上了**。那位幼小的帝王和他的数万主动赴死的臣民，认为自己死得其所。
紧接着，忽必烈命江南的扬州、湖南、赣州、泉州四省建造军舰六百艘备征日本。
日本学者中岛乐章这样推测：“在第二次远征日本所用战船中，东路军九百艘战船全部由高丽建造，而可以得到确认的江南所造战船，仅有至元十六年(即1279年)的六百艘，其中泉州所造战船，仅有五十艘。且不论《元史》中没有记载的造船数，单从当时最大的海港泉州的造船数仅有五十艘这一点来看，新建造战船也不过数百艘。而第二次远征日本时，江南战船总数竟有三千五百艘，其中大部分极有可能是元军截获、接管原南宋水军的战船其中内河船舶又居多由于内河战船吃水较浅，抗暴风雨能力较弱”
在下达造船命令之后，元世祖又召见南宋降将范文虎，问其东征方案。
作为一名战将和降将，范文虎当然想立即立下战功，但是他又试图通过和平的方式解决日
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