安被元军攻占的时候，南方还有大片土地仍然在宋军手里，小朝廷肯定是逃亡自己还控制的地盘，他们怎么可能去未知的台湾岛冒险呢？当他们退到崖山的时候，已经精疲力尽，心态都崩溃了，就没想过再跑了。
元朝的时候，澎湖岛上已经都是汉人，所以元朝在澎湖设立了澎湖巡检司。巡检司的官职是从九品，大致相当于现在的乡镇长，这是台澎地区第一次设置地方管辖机构。
台湾岛此时称为“留求”，岛上还是以“番人”为主，于是，元世祖忽必烈派遣水师副万户杨祥、礼部员外郎吴志斗、兵部员外郎阮鉴等人，携带诏书，从澎湖出发，前去招抚留求。
这个招抚团的配置还是很科学，有海军，有礼部，有兵部，可还是跟秦朝和隋朝的使团一样，很不靠谱。三人走错了地方，到了台湾南部的一个狭长的小岛，因为言语不通反被当地人杀了三名随从。这时候，他们产生了内部矛盾，杨祥认为，使团已经到了留求，而其他两人坚持认为还没到，不肯在报告上签字。
正在僵持不下的时候，当天晚上，礼部员外郎吴志斗竟然离奇失踪了。第二天，阮鉴痛快签了字，然后杨祥和阮鉴二人带队返回。回到大陆以后，吴志斗的老婆看到丈夫没了，立即向上级告状，说杨祥为了贪功和糊弄上司，把不肯附和的文官吴志斗给扔到海里暗害了，同样军队出身的阮鉴也是同谋。于是朝廷就把杨祥和阮鉴关押起来审讯，最终因查无实据，两人被释放，事情不了了之。
成宗元贞三年（1297年），福建省平章政事，名叫高兴。这位高省长想招抚留求，他吸取历朝招抚失败的教训，想出了一个怪招。他派两个部将带兵跑到台湾岛上，抓了一百多个人带回大陆，好吃好喝招待，然后把他们放回去，让他们宣扬朝廷的美德，说大陆生活好，岛上的人赶紧归降吧。结果，这一百多人回去以后就如泥牛入海，一点消息都没传回来。高兴费钱费力，白忙活一场。
元朝对台湾的招抚虽然比较搞笑，但明朝对台湾的政策是大大的失策。
明太祖朱元璋派人到台湾和澎湖进行调查，发现岛上的汉人已经有一万多人了，而且初步站稳了脚跟。朱元璋想的不是增加人口和驻军，
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