，设祠祭署专司其事。
向朱元璋行三跪九叩之礼
早在康熙七年(1668年)四月二十一日，康熙帝南巡时和鸿胪寺正卿周之桂前往南京明孝陵祭明太祖，并亲赐祭文曰：“自古历代帝王继天立极，功德并隆，治统道统，昭垂奕世，朕受眷命绍赞丕基，庶政方亲，前徽是景，明烟大典亟宜肇修，敬遣遄官，代将牲帛爰昭殷遮之忱，聿偁饮崇之礼，伏惟格歆，尚其鉴享。”
意为自古以来的帝王，上承天命，登上帝位，权威至极点，但上帝是要他为民建功立业、治理好国家，继承好历朝历代好的典章，这样才能功垂千史。“我康熙受先帝之传位，兢兢业业，为民亲政，今天前来向你洪武帝灵前祭祀，你定的明朝诸多法典中，在继承中有的地方我要作些修改，现带了文武百官为你献上粮食和牲帛，行最崇高的礼义，愿天下永享太平繁盛。”
康熙二十三年(1684年)十月二十五日，康熙帝到南方巡视，为了争取江南士大夫的支持，在途中，他祭禹陵、祭孔、祭明太祖陵，以拉拢江南的士大夫及明遗民，取得了极好的效果。十一月初一，抵达江宁(今南京)，初二一早，就派遣内阁大学士席尔达一起前往明孝陵祭明太祖。
康熙极为推崇明太祖朱元璋，为了表示对朱元璋的尊敬，他由甬道旁前行，并行三跪九叩礼至二门外，又于宝城前三奠酒，当时南京的父老百姓数万人在场，一个个“感动”得流泪。
康熙维护修理明故宫
康熙二十八年(1689年)二月，康熙第二次南巡至南京，以吉祥街织造署为行宫，又一次亲自祭奠明孝陵，并赏赐了守陵人。
康熙三十八年(1699年)正月，淮扬一带水患成灾，康熙帝下诏南巡。二月车驾到达淮安境内后，康熙亲自上河堤视察，吩咐掌管河工的河臣修筑方略，又特命开仓发粟，赈恤受灾州县。四月，康熙一行到达南京，南京军民夹道跪迎。康熙进城后的次日便派遣兵部尚书席尔达祭明孝陵，并传谕内阁：“洪武乃为一代创业君，朕前南巡二次，俱特行祭祀，并亲至陵寝礼奠。今巡幸至此，当自往亲祭。”
大学士伊桑阿.阿兰泰启奏道，“皇上日前去江宁巡查时，已经亲临祭祀，如今
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