总指挥阿剌罕与江南军同时出征，但阿剌罕却因年纪老迈而突然病故，忽必烈不得不临战易帅，临时任命阿塔海为两路军总指挥，以履行阿剌罕之职。阿塔海又不能立即达到宁波，于是范文虎在仓促之中于6月18日命令江南军起锚离港。
江南军在遭遇多端变故的情形下，于公元1281年6月底到达日本。该军之一部突破日军防线，进入壹岐岛。7月初，该军主力十余万人到达预定阵地平户岛。
7月上旬，固守在壹岐岛的东路军及江南军之一部开始向平户方向推进。南北两军终于完成汇合，能够参与作战的兵力共计十四万。
平户岛周围海域布满了遮天蔽日的元军旗帜。经过几日的整编，7月下旬，元军派出小股部队进行尝试性登陆，并于27日占领肥前鹰岛，将之作为前进基地。
与此同时，日军方面也开始调整兵力，多路援军驰援平户岛、鹰岛。
在这一次战争中，日军的战争动员和组织能力都有所提高，他们凭借有利地形构筑防御工事，并且奋勇作战，但是终究不能对元朝联合部队起到有效的阻击作用。并且江南十万大军还没有实质性参与到战争中来。众所周知，登陆战的关键在于抢滩，而非此后的陆战，一旦十四万大军在博多登陆，日军的抵抗力将被进一步削弱。
7月30日，元军原计划于该天启动全面进攻。但十多万元朝官兵都看到了这样奇怪的一幕：海上山影浮波，大鱼翻跃;并且能闻到浓浓的硫磺味。诸将领在商议之后撤销渡海登陆命令。
这是海上风暴来临的征兆。
面对如此光怪陆离的景象，元军将士陷入恐惧中，但由于蒙古籍统帅没有成熟的航海经验，也就没有采取果断措施应对，而江南军中的原水军士兵经历的水上战斗大多都是发生在内河即长江一带，元军中也有通晓天文海相的将领，其中江南军将领张禧在担心之余，果断率部弃舟登陆进驻平户岛，并且命令所部船只停泊距离要达到五十步之遥。
元军的悲剧就在这天夜里发生了。夜半，飓风四起，暴雨狂飙，巨浪如山倒。这场飓风一直持续到第二天。
部分元军船只顷刻间倾覆海底，其他船只经过飓风颠簸，或者因为泊位过近，在巨浪中相互撞击
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