海关的管理也感到满意，给了赫德极大的管理自由空间。晚清的中国海关也称“洋关”、“新关”，管理国际贸易。与之相对的则是内地的“常关”、“旧关”，由清政府官员主管。“洋关”高效廉洁，“常关”贪腐蔓延，形成鲜明对比。
所以晚清政府给了赫德极高的评价，“伏查总税务司赫德自咸丰四年来华，至同治二年补授今职，综理各关税务，布置周密，收数递增，确著成效”，“在中国总司榷务，宣力有年，卓著成效，国家深资倚重”，“中国海关岁收税项日见起色，莫不盛推总税务司综核之功。”
1908年，清政府赏赫德尚书衔，并在他死后追封太子太保，这是外国人在中国获得的最高荣誉。
第三，赫德的改革是理性的、渐进的。赫德有着英国式的现实主义精神，他主导的新海关与中国旧海关并非一刀两断，而是有所继承。比如新式海关在税款解缴存放方面继续沿用了传统的关银号制度，一直到辛亥革命后才逐渐由新式银行取而代之。
赫德曾经说过:“中国对于欧洲的任何制度都不会原封不动地接受，因此必须改头换面，才能适合中国人的眼光。改头换面以后，内部的骨架子必须是坚固有力的，五官四肢仍然是完备的，全体的职能当然还是可以实现的;不过正如同普通的内地人看一个穿大礼服的中国人觉得奇怪一样，一个严格的西方专家看见这种改头换面的制度也会觉得不顺眼的。我主张缓步稳进，开始时只做一些必须做而且可能做到的事，但是有眼光的人们大概会因小见大，看到将来发展的远景的。”
因为海关管理的成功，清政府扩大了赫德的权力，让他接手了一部分沿海常关也就是内地税关的管理工作，希望赫德能对它们进行近代化改造。
在将洋关制度移植到常关管理领域时，赫德尽可能留用了常关原套人马，对原有“工作手续和人事将不作任何不必要的变动”，避免引起较大震动，接管五十里内常关的工作因此稳妥推进，取得成功。在帮助清政府创办现代邮政制度时，赫德也说，“为各方面的利益计，我们应该效法的是龟行，而不是兔走”。
当然，虽然非常尊重中国政府的权威，但赫德作为一个西方人，
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