被迫签署瓦什和约，放弃对卡斯帝利亚王位的所有要求，使伊莎贝拉王权更加巩固。伊莎贝拉是虔诚天主教徒，在1478年於教宗支持下成立西班牙宗教裁判所，一年后阿拉贡国王去世，其夫婿斐迪南成为阿拉贡国王，1480年俩夫妻召集群臣跟34位平民代表制定了一系列法规/法律，为未来西班牙的统一立下基础。1492年1月伊莎贝拉的军队攻下了统治西班牙南部长达700年之久的摩尔人重镇格瑞那达，完成伊比利半岛收复失土运动，也让天主教教义更加落实，同年，在对哥伦布提出的西行计划三次拒绝后，伊拉贝拉终于同意哥伦布第四次的西行计划，由于当时西班牙刚刚结束对摩尔人的战争，财政吃紧，伊莎贝拉特地拿出自己装满首饰的首饰盒给哥伦布作为资助并答应哥伦布及其后代均为西班牙殖民地总督。次年，哥伦布带著一些印第安人跟黄金凯旋回航，西班牙从此开启了黄金年代，1494年伊莎贝拉通过托而德西里亚斯条约，予葡萄牙合作瓜分了新世界的资产跟财富，伊莎贝拉也于新大陆建立印第安事物处所，试图让印第安人免于受到西班牙殖民者的迫害。
中世纪的伊比利亚半岛上曾存在着众多伊斯兰教和天主教小国。经过几百年的兼并，到15世纪中期，主要剩下了西部的葡萄牙、北部的纳瓦拉王国、中部的卡斯蒂利亚王国和东部的阿拉贡王国，加上半岛最南端的穆斯林小国格林纳达，其中最强大的是卡斯蒂利亚王国。伊莎贝尔是卡斯蒂利亚国王胡安二世和葡萄牙公主的女儿。1454年，胡安二世死，伊莎贝尔的异母兄恩里克四世(绰号“无能者)继位。
少女时代的伊莎贝尔很不顺利，恩里克继位后，她同母亲、弟弟阿方索搬到阿雷瓦洛一个幽闭的城堡里居住。其母(与女同名，也叫伊莎贝尔)患有精神病，时而发作。但这并不影响伊莎贝尔受到来自萨拉曼卡大学的老师们的良好教育。1468年，对恩里克四世不满的贵族们拥立阿方索为王，一场兄弟阋墙的内战由此开始，不久阿方索突然死去，反对恩里克四世的贵族又抬出了伊莎贝尔公主来继续与之对抗。最后双方终于达成和议，停止内战，全体贵族都必须宣誓效
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