禧太后担心在她的影响下，光绪帝会越发的脱离慈禧给的既定轨道。还有就是，她一直都在暗中帮助光绪帝争夺权力，这一点是慈禧太后最接受不了的。所以慈禧太后，才会在八国联军侵华之际，先要将珍妃处死，然后才逃离北京。
珍妃跳井经过
旧宫监唐冠卿说：”闻珍妃至，请安毕，并祝老祖宗吉样。后曰：‘现在还成话么?义和拳捣乱，洋人进京，怎么办呢?’继语音渐微，哝哝莫辨，忽闻大声曰：‘我们娘儿们跳井吧!’妃哭求恩典，且云未犯重大罪名。后曰：‘不管有无罪名，难道留我们遭洋人毒手么?你先下去，我也下去!’妃叩首哀恳，旋闻后呼玉桂(即崔玉贵)，桂谓妃曰：‘请主儿遵旨吧!’妃曰：‘汝何以逼迫我耶?’桂曰：‘主儿下去，我才下去呢!’妃怒曰：‘汝不配!’忽闻后疾呼曰：‘把她扔下去吧!’遂有挣扭之声，继而怦然一响，想珍妃已堕井矣!“这是珍妃被慈禧害死的说法。
珍妃之死，还有另一种说法，这种说法源自隆裕皇后给自己的弟弟说法。说的是珍妃之死，并不是慈禧害死的。八国联军攻入北京，慈禧太后不知道他们会做些什么。于是决定西行，”当然西行带不了那么多人，因为人多了就会成为负担。但是因为当时光绪是皇帝，而我是皇后，同时又是老太后的亲侄女，要带也只能带我和皇上走。而其他的一些亲属就地回娘家躲避，妃子们也不例外。可是当时的珍妃非常气盛，不服从老太后的指挥，并当场顶撞了老太后。在那个紧急时刻，珍妃一直对老太后说：‘我是光绪的妻子，我要跟着去。你有偏见，皇后是您的侄女，所以您带她走。所以我也请求你带我走。’这就让老太后非常难堪，带走一个珍妃，就必须带走瑾妃，还有其他的一些人“所以慈禧听此本来就不高兴了，哪知珍妃还在那儿说：”我是光绪的妻子，就要跟皇上在一起，不在一起，宁愿死。活着是皇家人，死了是皇家鬼。“慈禧一怒之下，便要她要死就去死。珍妃也刚烈，真就往井口奔去，慈禧太后连忙吩咐太监去拉，。可惜没有拉住。于是珍妃就这么死了，并不是慈禧害死的。
珍妃真正的死亡经过和原因已无从考证，各界持有
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