，十字军转而进攻东罗马帝国，最终于1204年4月13日攻陷君士坦丁堡。随后，他们开始烧杀抢掠。据记载，这些占领者对自己的基督教兄弟毫无怜悯之情。他们到处搜刮财宝，屠杀平民，甚至将圣索菲亚大教堂洗劫一空，纵火烧毁了皇家图书馆，暴行持续了三天三夜。这场悲剧让东西两大教会基本丧失了和解的可能。
不久后东罗马帝国将十字军驱逐出君士坦丁堡，但这段血仇让东罗马帝国的臣民刻骨铭心，一名军事统帅曾公开声称：“宁见苏丹的头巾，不见教皇三重冕!”
经过十字军的蹂躏，东罗马帝国彻底走向衰落。1453年，奥斯曼土耳其大军攻陷君士坦丁堡，东罗马帝国宣告灭亡。尽管东正教仍得以保存，但作为其象征的圣索菲亚大教堂被改为清真寺。于是，一部分东正教教徒转而北上，寻求新的发展空间。1472年，莫斯科公国的伊凡三世迎娶了末代东罗马帝国皇帝君士坦丁十一世的侄女，自视为罗马帝国的继承者，俄罗斯东正教会的地位随之不断上升，逐渐取代希腊东正教会的地位。
近代以来努力弥合分歧
近代以来，随着国际政治格局的变迁，罗马天主教与东正教都曾遭遇种种困境，而旨在促进这两大教派和解的努力也日趋频繁。1910年，基督教新教在爱丁堡发起举行世界基督教大会，罗马天主教会与东正教会都曾派出代表到场，并共同协商有关教会合一等事项。1961年，俄罗斯东正教会还加入了成立于1948年的世界基督教会联合会。与此同时，双方都开始努力释放一些积极信号以促进和解。1964年1月4日，罗马天主教皇保罗六世出访中东，成为历史上第一位前往耶路撒冷朝拜的教皇。1965年12月7日，保罗六世在耶路撒冷历史性地会见了君士坦丁堡牧首阿特那哥拉斯一世。当天，两大教会分别在罗马和法纳耳宣读相互宽恕书，取消了1054年双方互相宣布的绝罚处分。
近二十年来，尽管在一些神学及教皇权威问题上难以消弭分歧，但罗马天主教会与东正教会的关系还是日益密切起来。值得一提的是，前任罗马教皇约翰·保罗二世于1999年5月访问罗马尼亚，与当地的东正教
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