入到初号机之中的重要原因之一。錆
碇源堂在拿到了尼布甲尼撒之匙后，也拥有了一定程度的在轮回之中保留记忆的能力，但和融合到初号机里的碇唯相比，还差了很多，至少在碇唯融入到初号机内部之前，碇源堂的记忆都没有苏醒，不然的话他无论如何都会阻止这个过程。
碇唯所说的碇真嗣将成为一个伟大的人，并不是一个祝愿，而是一个预言，因为碇真嗣每次都会作为人类补完的主导者，而他如果无法成为一个伟大的人，让人类补完有一个完美的结局，那么轮回就会一直持续下去，直到他成为这样的存在，这其中本身就有碇唯的引导。
这是一个母亲，面对自己的孩子的时候，的私心，但同样也是选择了对人类最好的结局。
随着第二次冲击的爆发，世界各地都在忙于救灾，相比于原本的历史线，这一次的死亡人数少了太多太多，更是有诸多工业设施被抢救出来，重新恢复运转，逐渐维持住了各受灾地的自己自足。
而人类也从死海文书之中，得到了来自远古的预言，死海文书本身就是和亚当在一起坠落到地球上的，上面记录的则是使徒的诞生，以及使徒遇到亚当可能会触发第三次冲击毁灭人类的事实。
因此人类也开始了第三新东京市这类防御设施的建设，之前的人类进化研究所也改成了直属联合国的特务机构nerv。
第三新东京是一座海滨城市，本身是一座可以降落到地面以下的要塞都市，城市之中的所有建筑都是可以下沉进入地面之下，而这还不是最重要的，最重要的是在第三新东京市的地下，有一个巨大的空间，而人类预计在那里建设另一座城市，那里才是真正的超级堡垒，守护着最终教条，是防御使徒的最终防线。錆
这里的地下空腔可以算是天然形成的，当黑之月坠落带来莉莉丝的同时，也在地球上砸出了一个大坑，而这个大坑最终就形成了这样一个巨大的地下空间。
整个地下空间大致呈现为半球形，半径约有三公里，经过一定的清理，修整和加固之后，这座地下都市就可以正式进入建设了。
在地下都市的头顶除了有第三新东京之外，还预计建设二十四层厚
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